Штаммы коронавируса COVID-19, выявленные в России

Каждый вирус имеет свой геном – уникальную специфическую последовательность ДНК или РНК. Коронавирус SARS-CoV-2 относится к группе РНК-вирусов, довольно сложный геном которых зашифрован в длинной молекуле рибонуклеиновой кислоты (РНК).

Когда вирус реплицируется, или воспроизводит копии самого себя, он иногда немного изменяется. Эти изменения называются "мутациями".

Используя слово "штамм", ученые имеют в виду генетически отличную ветвь вируса, отличающуюся одной или несколькими мутациями от своего "родителя".

Чем больше вирусы циркулируют, тем больше они могут изменяться. Эти изменения иногда могут приводить к появлению варианта вируса, который лучше приспособлен к окружающей среде по сравнению с исходным вирусом. Такой процесс изменения и отбора успешных вариантов называется "эволюцией вируса".

Некоторые мутации могут приводить к изменениям характерных особенностей вируса, таких как механизм передачи вируса (например, он может распространяться быстрее) или степень тяжести вызываемого им заболевания (например, он может вызывать более тяжелое заболевание).

В том случае, если штамм SARS-CoV-2 отличается повышенной заразностью (легкость передачи), более тяжелым течением болезни или повышенной сопротивляемостью антителам, лекарствам и вакцинам, ВОЗ переводит штамм вируса в категорию "предмет озабоченности".

В настоящее время в эту категорию ВОЗ зачислила штаммы, впервые обнаруженные в Англии, ЮАР, Бразилии и Индии.

В конце мая 2021 года в ВОЗ сообщили, что для названий новых штаммов SARS-CoV-2 будут использоваться буквы греческого алфавита. Согласно новой системе обозначений ВОЗ, которая будет обновляться на сайте организации, штамм B.1.1.7, выявленный в Великобритании, получил название "альфа". Штамм B.1.351 из Южной Африки стал "бета", бразильский P.1 – "гамма", а индийский B.1.617.2 – "дельта".

В России в разное время были выявлены все вышеперечисленные штаммы. В конце сентября глава Роспотребнадзора Анна Попова сообщила, что 97% всех штаммов, которые секвенированы на территории Российской Федерации, – это штамм "дельта".

Британский штамм вируса ("альфа")

Осенью 2020 года ученые зафиксировали возникновение новой генетической линии коронавируса SARS-CoV-2 – B.1.1.7. Ее впервые выделили из образцов, собранных 20 сентября в английском графстве Кент и 21 сентября в Лондоне. Отсюда и название нового штамма – британский. Штамм, по данным ВОЗ, содержит девять мутаций.

Особенно важны три мутации.

Мутация N501Y – замена одного нуклеотида (аспарагина, N) на другой (тирозин, Y) в позиции 501 участка, отвечающего за связь с рецептором ACE2 на мембране клетки человека и мышей. Возможно, это усиливает связь, а значит, и заразность коронавируса.

Делеция (удаление) шести оснований в гене, кодирующем аминокислоты 69 и 70. Это влияет на способность вируса уклоняться от иммунного ответа организма. Эта мутация иногда идет в паре с N501Y.

Мутация P681H на участке, контролирующем расщепление фермента фурина.

Всего в геномах линии альфа обнаружили 14 мутаций, меняющих белковую последовательность, три делеции и еще шесть молчащих мутаций, которые ничего не меняют. Позже ученые из Швеции и Индии сообщили, что в целом британский штамм имеет 29 мутаций по сравнению с исходным штаммом Wuhan. Это говорит о том, что он мутирует намного быстрее последнего, для которого вирусологи фиксировали примерно две мутации в месяц. При этом многие мутации, обнаруженные в белке шипа нового штамма, облегчают связывание вируса с рецепторами клеток-хозяев.

Глава британского минздрава Мэтт Хэнкок объявил об обнаружении на юго-востоке Англии новой разновидности коронавируса 14 декабря 2020 года.

Позже стало известно, что новый штамм распространяется на 56-70% (по другим оценкам, на 56%) быстрее исходника. Также высказывались предположения, что эта разновидность коронавируса чаще приводит к смерти пациентов.

В середине февраля 2021 года в отчете консультационного совета по новым и возникающим респираторным вирусным угрозам Британии сообщалось, что она на 30-70% более смертоносней. В нем также говорилось, что для установления причин и точных показателей летальности штамма необходимо дальнейшее изучение материалов исследования.

Из исследования, опубликованного в медицинском журнале Lancet в апреле 2021 года, следует, что ученые не нашли доказательств того, что британский штамм коронавируса приводит к более тяжелому течению заболевания или более опасен с точки зрения смертности. Не обнаружили исследователи и связи с вероятным ростом числа повторных случаев заражения. Тем не менее ученые все же подтвердили, что британский штамм более заразен.

По словам заместителя директора по научной работе ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, члена-корреспондента РАН Александра Горелова, британский штамм коронавируса принципиально не отличается от "уханьского" или других штаммов, так как не произошло даже 1% изменения в его геноме.

Эксперты Управление национальной статистики Великобритании (ONS) заявили, что инфицированные британским штаммом редко теряют вкус и обоняние. В основном у заразившихся им распространены кашель, боль в горле, усталость, мышечные боли и лихорадка. Проведенное в этой связи исследование не выявило различий в интенсивности таких симптомов, как одышка и головные боли.

Обнаруженный осенью 2020 года британский штамм быстро распространился как по всей Великобритании, так и за ее пределами, став во многих странах Европы доминирующим штаммом. В России первый случай заражения им выявили в конце 2020 года.

По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, штамм выявлен в 196 странах и территориях.

Южноафриканский штамм ("бета")

Новый вариант коронавируса SARS-CoV-2 501Y.V2/B.1.351, известный как "южноафриканский" штамм, был впервые выявлен в ЮАР в декабре 2020 года и уже к концу года стал доминирующим штаммом в некоторых частях Южной Африки.
Результаты геномного исследования, которое провели ученые из ЮАР, Бразилии, Великобритании, Германии и США под руководством Тулио де Оливейра (Tulio de Oliveira) из Университета Квазулу-Натал в Дурбане, позволяют предполагать, что 501Y.V2 появился в Восточно-Капской провинции сразу после первой волны эпидемии, в августе 2020 года.

Зародившись в районе залива Нельсона Манделы, он быстро распространился в трех провинциях – Восточно-Капской, Западно-Капской и Квазулу-Натал, – вытеснив другие варианты SARS-CoV-2. По мнению авторов, преимущество этого штамма перед другими заключается в его повышенной трансмиссивности и способности уклоняться от иммунной системы.

В феврале повышенную заразность штамма из ЮАР подтвердила Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ).

Российские эксперты отмечают, что эта мутация вируса особо устойчива к вакцинами и обладает высокой скоростью распространения.

По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, штамм выявлен в 145 странах и территориях.

16 марта 2021 года стало известно, что в России были выявлены два первых случая южноафриканского штамма коронавируса. По данным системы GISAID, всего в России было подтверждено 29 случаев заболевания данным штаммом коронавируса.

Бразильский штамм ("гамма")

В январе 2021 года в Бразилии ученые сообщили о возникновении двух новых штаммов коронавируса – P.1 и P.2. Отмечалось, что несмотря на наличие общих мутаций со штаммами, обнаруженными в других регионах, по всей вероятности, они возникли независимо друг от друга.

Большее беспокойство ученых вызвал P.1 (потомок B.1.1.28). Сообщалось, что он имеет 12 мутаций и 17 уникальных аминокислотных изменений, в то время как P.2 содержит всего три мутации.

Согласно филогенетическому анализу, P.1 впервые появился во второй половине ноября возле Манауса (штат Амазонас), на севере Бразилии, где ранее были очень высокие показатели заболеваемости. Штамм содержит несколько важных мутаций, в том числе K417T, N501Y и E484K, которая ранее была найдена в ЮАР.

По данным экспертов, штамм является более заразным и опасным для молодых людей, а также снижает эффективность вакцин. P.1 способен избегать распознавания иммунной системой и повторно заражать уже переболевших людей.

6 мая 2021 года в Рио-де-Жанейро (Бразилия) была обнаружена мутация штамма P.1, которая получила название P.1.2.

В апреле 2021 года штамм стал активно распространяться по всему миру. С мая несколько пациентов с гамма-мутацией зафиксировали в России. Однако дальнейшее распространение в России штамм он не получил.

По данным ВОЗ на 19 октября, штамм "гамма" выявлен в 99 странах и территориях.

Индийский штамм ("дельта")

Согласно данным ВОЗ, индийский штамм коронавируса (дельта), названный B.1.617, был выявлен в этой стране в октябре 2020 года.

Штамм отличается сокращенным инкубационным периодом и повышенной нагрузкой на организм человека. Кроме того, у штамма удлинился период выведения из организма, что затрудняет определение медиками факта выздоровления.

Главные симптомы – головная боль, насморк, боль в горле, высокая температура. Причем обычно обоняние не пропадает и нет кашля. Также, по данным специалистов, для него характерны боли в животе, рвота, а также обильные выделения из носа – как при риновирусе. Возможны быстрая утомляемость, чувство подавленности и уныния.

Штамм дельта быстро распространился по миру.

По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, дельта выявлен в 193 странах и территориях.

В мире он стал доминирующим. Свыше 150 стран демонстрируют почти 100-процентное присутствие этого штамма.

В России, по данным главы Роспотребнадзора Анны Поповой, первые единичные случаи штамма были обнаружены в апреле 2021 года. В июне распространенность штамма дельта составила 41%, в середине июля – 67,9%. В сентябре штамм "дельта" составил 97% всех штаммов, которые секвенированы на территории Российской Федерации.

По данным системы GISAID, по состоянию на 21 октября, в России распространенность штамма "дельта" составляет 98,4%.

AY.4.2

19 октября 2021 года ученые из Университетского колледжа Лондона предупредили о появлении "потомка" индийского штамма коронавируса под названием AY.4.2, обнаруженном вирусологами, которые отслеживали генетическую эволюцию "дельты". Ученые констатировали, что на него приходится почти 10% заражений в Великобритании.

Новая мутация на 10-15% процентов заразнее своего предшественника, который все еще доминирует в мире.

21 октября 2021 года в России выявили единичные случаи разновидности штамма коронавируса "дельта" AY.4.2.

Российский штамм

В январе 2021 года в РФ был выявлен российский штамм коронавируса AT.1. 9 июня ВОЗ включила штамм в список для дальнейшего мониторинга. В этот список включают штаммы SARS-CoV-2 с генетическими изменениями, которые, предположительно, влияют на характеристики вируса и могут представлять угрозу в будущем, но по которым пока недостаточно доказательств. Они требуют усиленного мониторинга и повторной оценки данных. 27 июля 2021 года стало известно, что ВОЗ исключила "российский" штамм коронавируса АТ.1 из списка для мониторинга.

Материал подготовлен на основе информации РИА Новости и открытых источников