Каждый вирус имеет свой геном – уникальную специфическую последовательность ДНК или РНК. Коронавирус SARS-CoV-2 относится к группе РНК-вирусов, довольно сложный геном которых зашифрован в длинной молекуле рибонуклеиновой кислоты (РНК).
Когда вирус реплицируется, или воспроизводит копии самого себя, он иногда немного изменяется. Эти изменения называются "мутациями".
Используя слово "штамм", ученые имеют в виду генетически отличную ветвь вируса, отличающуюся одной или несколькими мутациями от своего "родителя".
Чем больше вирусы циркулируют, тем больше они могут изменяться. Эти изменения иногда могут приводить к появлению варианта вируса, который лучше приспособлен к окружающей среде по сравнению с исходным вирусом. Такой процесс изменения и отбора успешных вариантов называется "эволюцией вируса".
Некоторые мутации могут приводить к изменениям характерных особенностей вируса, таких как механизм передачи вируса (например, он может распространяться быстрее) или степень тяжести вызываемого им заболевания (например, он может вызывать более тяжелое заболевание).
В том случае, если штамм SARS-CoV-2 отличается повышенной заразностью (легкость передачи), более тяжелым течением болезни или повышенной сопротивляемостью антителам, лекарствам и вакцинам, ВОЗ переводит штамм вируса в категорию "предмет озабоченности".
В настоящее время в эту категорию ВОЗ зачислила штаммы, впервые обнаруженные в Англии, ЮАР, Бразилии и Индии.
В конце мая 2021 года в ВОЗ сообщили, что для названий новых штаммов SARS-CoV-2 будут использоваться буквы греческого алфавита. Согласно новой системе обозначений ВОЗ, которая будет обновляться на сайте организации, штамм B.1.1.7, выявленный в Великобритании, получил название "альфа". Штамм B.1.351 из Южной Африки стал "бета", бразильский P.1 – "гамма", а индийский B.1.617.2 – "дельта".
В России в разное время были выявлены все вышеперечисленные штаммы. В конце сентября глава Роспотребнадзора Анна Попова сообщила, что 97% всех штаммов, которые секвенированы на территории Российской Федерации, – это штамм "дельта".
Британский штамм вируса ("альфа")
Осенью 2020 года ученые зафиксировали возникновение новой генетической линии коронавируса SARS-CoV-2 – B.1.1.7. Ее впервые выделили из образцов, собранных 20 сентября в английском графстве Кент и 21 сентября в Лондоне. Отсюда и название нового штамма – британский. Штамм, по данным ВОЗ, содержит девять мутаций.
Особенно важны три мутации.
Мутация N501Y – замена одного нуклеотида (аспарагина, N) на другой (тирозин, Y) в позиции 501 участка, отвечающего за связь с рецептором ACE2 на мембране клетки человека и мышей. Возможно, это усиливает связь, а значит, и заразность коронавируса.
Делеция (удаление) шести оснований в гене, кодирующем аминокислоты 69 и 70. Это влияет на способность вируса уклоняться от иммунного ответа организма. Эта мутация иногда идет в паре с N501Y.
Мутация P681H на участке, контролирующем расщепление фермента фурина.
Всего в геномах линии альфа обнаружили 14 мутаций, меняющих белковую последовательность, три делеции и еще шесть молчащих мутаций, которые ничего не меняют. Позже ученые из Швеции и Индии сообщили, что в целом британский штамм имеет 29 мутаций по сравнению с исходным штаммом Wuhan. Это говорит о том, что он мутирует намного быстрее последнего, для которого вирусологи фиксировали примерно две мутации в месяц. При этом многие мутации, обнаруженные в белке шипа нового штамма, облегчают связывание вируса с рецепторами клеток-хозяев.
Глава британского минздрава Мэтт Хэнкок объявил об обнаружении на юго-востоке Англии новой разновидности коронавируса 14 декабря 2020 года.
Позже стало известно, что новый штамм распространяется на 56-70% (по другим оценкам, на 56%) быстрее исходника. Также высказывались предположения, что эта разновидность коронавируса чаще приводит к смерти пациентов.
В середине февраля 2021 года в отчете консультационного совета по новым и возникающим респираторным вирусным угрозам Британии сообщалось, что она на 30-70% более смертоносней. В нем также говорилось, что для установления причин и точных показателей летальности штамма необходимо дальнейшее изучение материалов исследования.
Из исследования, опубликованного в медицинском журнале Lancet в апреле 2021 года, следует, что ученые не нашли доказательств того, что британский штамм коронавируса приводит к более тяжелому течению заболевания или более опасен с точки зрения смертности. Не обнаружили исследователи и связи с вероятным ростом числа повторных случаев заражения. Тем не менее ученые все же подтвердили, что британский штамм более заразен.
По словам заместителя директора по научной работе ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, члена-корреспондента РАН Александра Горелова, британский штамм коронавируса принципиально не отличается от "уханьского" или других штаммов, так как не произошло даже 1% изменения в его геноме.
Эксперты Управление национальной статистики Великобритании (ONS) заявили, что инфицированные британским штаммом редко теряют вкус и обоняние. В основном у заразившихся им распространены кашель, боль в горле, усталость, мышечные боли и лихорадка. Проведенное в этой связи исследование не выявило различий в интенсивности таких симптомов, как одышка и головные боли.
Обнаруженный осенью 2020 года британский штамм быстро распространился как по всей Великобритании, так и за ее пределами, став во многих странах Европы доминирующим штаммом. В России первый случай заражения им выявили в конце 2020 года.
По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, штамм выявлен в 196 странах и территориях.
Южноафриканский штамм ("бета")
Новый вариант коронавируса SARS-CoV-2 501Y.V2/B.1.351, известный как "южноафриканский" штамм, был впервые выявлен в ЮАР в декабре 2020 года и уже к концу года стал доминирующим штаммом в некоторых частях Южной Африки.
Результаты геномного исследования, которое провели ученые из ЮАР, Бразилии, Великобритании, Германии и США под руководством Тулио де Оливейра (Tulio de Oliveira) из Университета Квазулу-Натал в Дурбане, позволяют предполагать, что 501Y.V2 появился в Восточно-Капской провинции сразу после первой волны эпидемии, в августе 2020 года.
Результаты геномного исследования, которое провели ученые из ЮАР, Бразилии, Великобритании, Германии и США под руководством Тулио де Оливейра (Tulio de Oliveira) из Университета Квазулу-Натал в Дурбане, позволяют предполагать, что 501Y.V2 появился в Восточно-Капской провинции сразу после первой волны эпидемии, в августе 2020 года.
Зародившись в районе залива Нельсона Манделы, он быстро распространился в трех провинциях – Восточно-Капской, Западно-Капской и Квазулу-Натал, – вытеснив другие варианты SARS-CoV-2. По мнению авторов, преимущество этого штамма перед другими заключается в его повышенной трансмиссивности и способности уклоняться от иммунной системы.
В феврале повышенную заразность штамма из ЮАР подтвердила Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ).
Российские эксперты отмечают, что эта мутация вируса особо устойчива к вакцинами и обладает высокой скоростью распространения.
По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, штамм выявлен в 145 странах и территориях.
16 марта 2021 года стало известно, что в России были выявлены два первых случая южноафриканского штамма коронавируса. По данным системы GISAID, всего в России было подтверждено 29 случаев заболевания данным штаммом коронавируса.
Бразильский штамм ("гамма")
В январе 2021 года в Бразилии ученые сообщили о возникновении двух новых штаммов коронавируса – P.1 и P.2. Отмечалось, что несмотря на наличие общих мутаций со штаммами, обнаруженными в других регионах, по всей вероятности, они возникли независимо друг от друга.
По данным экспертов, штамм является более заразным и опасным для молодых людей, а также снижает эффективность вакцин. P.1 способен избегать распознавания иммунной системой и повторно заражать уже переболевших людей.
6 мая 2021 года в Рио-де-Жанейро (Бразилия) была обнаружена мутация штамма P.1, которая получила название P.1.2.
В апреле 2021 года штамм стал активно распространяться по всему миру. С мая несколько пациентов с гамма-мутацией зафиксировали в России. Однако дальнейшее распространение в России штамм он не получил.
По данным ВОЗ на 19 октября, штамм "гамма" выявлен в 99 странах и территориях.
Индийский штамм ("дельта")
Согласно данным ВОЗ, индийский штамм коронавируса (дельта), названный B.1.617, был выявлен в этой стране в октябре 2020 года.
Штамм отличается сокращенным инкубационным периодом и повышенной нагрузкой на организм человека. Кроме того, у штамма удлинился период выведения из организма, что затрудняет определение медиками факта выздоровления.
Главные симптомы – головная боль, насморк, боль в горле, высокая температура. Причем обычно обоняние не пропадает и нет кашля. Также, по данным специалистов, для него характерны боли в животе, рвота, а также обильные выделения из носа – как при риновирусе. Возможны быстрая утомляемость, чувство подавленности и уныния.
Штамм дельта быстро распространился по миру.
По данным ВОЗ на 19 октября 2021 года, дельта выявлен в 193 странах и территориях.
В мире он стал доминирующим. Свыше 150 стран демонстрируют почти 100-процентное присутствие этого штамма.
В России, по данным главы Роспотребнадзора Анны Поповой, первые единичные случаи штамма были обнаружены в апреле 2021 года. В июне распространенность штамма дельта составила 41%, в середине июля – 67,9%. В сентябре штамм "дельта" составил 97% всех штаммов, которые секвенированы на территории Российской Федерации.
По данным системы GISAID, по состоянию на 21 октября, в России распространенность штамма "дельта" составляет 98,4%.
AY.4.2
19 октября 2021 года ученые из Университетского колледжа Лондона предупредили о появлении "потомка" индийского штамма коронавируса под названием AY.4.2, обнаруженном вирусологами, которые отслеживали генетическую эволюцию "дельты". Ученые констатировали, что на него приходится почти 10% заражений в Великобритании.
Новая мутация на 10-15% процентов заразнее своего предшественника, который все еще доминирует в мире.
21 октября 2021 года в России выявили единичные случаи разновидности штамма коронавируса "дельта" AY.4.2.
Российский штамм
В январе 2021 года в РФ был выявлен российский штамм коронавируса AT.1. 9 июня ВОЗ включила штамм в список для дальнейшего мониторинга. В этот список включают штаммы SARS-CoV-2 с генетическими изменениями, которые, предположительно, влияют на характеристики вируса и могут представлять угрозу в будущем, но по которым пока недостаточно доказательств. Они требуют усиленного мониторинга и повторной оценки данных. 27 июля 2021 года стало известно, что ВОЗ исключила "российский" штамм коронавируса АТ.1 из списка для мониторинга.
Материал подготовлен на основе информации РИА Новости и открытых источников