Дипломатические отношения между Россией и Молдавией установлены 6 апреля 1992 года. Договорно-правовая база отношений к настоящему времени насчитывает свыше 180 документов.
19 ноября 2001 года в Москве был подписан и 13 мая 2002 года вступил в силу базовый Договор о дружбе и сотрудничестве между Российской Федерацией и Республикой Молдова. В преамбулу документа включены положения о стратегическом партнерстве между двумя странами и роли России как посредника и гаранта политического урегулирования приднестровской проблемы. В ноябре 2011 года действие документа было автоматически продлено на десять лет.
После прихода к власти в результате досрочных парламентских выборов 29 июля 2009 года, праволиберальный Альянс "За европейскую интеграцию" провозгласил намерение развивать взаимодействие с Россией на основе стратегического партнерства.
9 октября 2009 года президент РФ Дмитрий Медведев принял участие в саммите СНГ в Кишиневе. В ходе встреч с молдавским руководством российская сторона подтвердила свой настрой на преемственность курса на дальнейшее развитие взаимовыгодного сотрудничества на всех направлениях.
8 мая 2010 года врио президента Молдавии Михай Гимпу принял участие в неформальном саммите глав государств СНГ в Москве.
В 2009-2011 годах в рамках заседания Совета глав правительств СНГ состоялись четыре встречи председателя правительства РФ Владимира Путина с премьер-министром Молдавии Владимиром Филатом (20 ноября 2009 года, 21 мая и 19 ноября 2010 года, 18 октября 2011 года).
6-7 февраля 2011 года в Москве с рабочим визитом находился врио главы Молдавии, спикер парламента Михай Лупу, который встретился с председателем Госдумы России Борисом Грызловым. 15-17 мая 2011 года Михай Лупу принял участие в заседании Межпарламентской ассамблеи СНГ в Санкт-Петербурге.
15 мая 2012 года в работе неформального саммита СНГ в Москве принял участие президент Молдавии Николай Тимофти.
10-12 сентября 2012 года в ходе рабочего визита премьер-министр Молдавии Владимир Филат встретился с президентом России Владимиром Путиным в Сочи и провел переговоры с премьер-министром РФ Дмитрием Медведевым в Москве. Состоялась также его встреча с председателем Госдумы Сергеем Нарышкиным.
"На полях" прошедшего 28 сентября 2012 года в Ялте Совета глав правительств СНГ состоялась очередная встреча Дмитрия Медведева с Владимиром Филатом.
Определенная пауза в отношениях двух стран возникла в связи с разразившимся в феврале 2013 года внутриполитическим кризисом в Молдавии, в результате которого правительство было отправлено в отставку. Своей главной целью сформированный 30 мая 2013 года новый кабинет министров во главе с Юрием Лянкэ провозгласил создание условий, при которых курс Молдавии на вхождение в ЕС принял бы необратимый характер.
В рамках рабочей встречи 20 ноября 2013 года в Санкт-Петербурге "на полях" заседания Совета глав правительств, а также в ходе встречи 7 февраля 2014 года в Сочи председатель правительства РФ Дмитрий Медведев обсудил с молдавским премьером Юрием Лянкэ актуальные вопросы торгово-экономического сотрудничества.
Отношения между Кишиневом и Москвой ухудшились летом 2014 года, когда парламент Молдавии ратифицировал соглашение об ассоциации с Евросоюзом. Согласно этому договору республика должна полностью открыть свой рынок для европейских товаров.
4 апреля 2016 года по приглашению министра иностранных дел РФ Сергея Лаврова Москву посетил с рабочим визитом заместитель премьер-министра, министр иностранных дел и европейской интеграции Молдавии Андрей Галбур. В ходе переговоров главы внешнеполитических ведомств обсудили возможности придания импульса разноплановому российско-молдавскому сотрудничеству.
В течение 2016 года главы внешнеполитических ведомств встречались также 1 июля в Сочи, 16 сентября в Бишкеке "на полях" заседания СМИД СНГ.
16-18 января 2017 года по приглашению президента Российской Федерации Владимира Путина Москву с официальным визитом посетил президент Республики Молдова Игорь Додон. Визит в Москву стал первой зарубежной поездкой Додона, а переговоров на таком высоком уровне между странами не было с 2009 года. 17 января в Кремле состоялись переговоры Владимира Путина и Игоря Додона. Обсуждались состояние и перспективы двустороннего торгово-экономического и культурно-гуманитарного сотрудничества, актуальные региональные проблемы, в первую очередь — приднестровское урегулирование.
17 марта президент Молдавии Игорь Додон прибыл в Москву по приглашению Общероссийской общественной организации "Деловая Россия" для участия в бизнес-форуме "Россия — Молдавия: новые точки роста". Президент России принял в Кремле Игоря Додона. Лидеры двух стран обсудили вопросы торгово-экономического сотрудничества и актуальные региональные проблемы.
2 июня 2017 года Владимир Путин и Игорь Додон провели краткую встречу "на полях" Петербургского международного экономического форума.
17 сентября 2017 года председатель Совета Федерации РФ Валентина Матвиенко встретилась с президентом Молдавии Игорем Додоном в Ашхабаде (Туркмения).
Правительством Молдавии и парламентским большинством с начала года была принята череда антироссийских мер, среди которых высылка пятерых дипломатов, отказ во въезде в страну российским артистам, культурным деятелям и журналистам, объявление персона нон грата в республике вице-премьера РФ Дмитрия Рогозина.
Подписание Молдавией Соглашения об ассоциации и формировании зоны свободной торговли с Евросоюзом негативно отразилось на динамике двустороннего товарооборота.
По данным Федеральной таможенной службы РФ, по итогам 2016 года внешнеторговый оборот России и Молдавии составил 1160,7 миллионов долларов, в том числе российский экспорт — 912,0 миллионов долларов и импорт — 248,7 миллионов долларов.
По итогам января-июля 2017 года внешнеторговый оборот России и Молдавии составил 603,9 миллиона долларов, в том числе российский экспорт — 440,6 миллиона долларов и импорт — 163,3 миллиона долларов.
Основу российского экспорта в Молдавию составляют такие группы товаров как минеральные продукты, продукция химической промышленности, продовольственные товары и сельскохозяйственное сырье, машины, оборудование и транспортные средства, древесина и целлюлозно-бумажные изделия, металлы и изделия из них, текстиль и обувь.
Российский импорт представлен следующими группами товаров: продовольственные товары и сельскохозяйственное сырье, текстильные изделия и обувь, машины, оборудование и транспортные средства, продукция химической промышленности, древесина и целлюлозно-бумажные изделия.
В сентябре 2013 года Роспотребнадзор ввел эмбарго на молдавскую винодельческую продукцию из-за претензий к качеству вина. Запрет не распространялся лишь на алкогольную продукцию из Гагаузии и Приднестровья. До 2006 года молдавские вина занимали свыше 60% рынка России. К 2013 году Молдавии удалось восстановить всего 10-12% доли своей продукции на рынке РФ.
С 2014 года, с учетом сохранения Кишиневом наряду с евроинтеграционным вектором статуса участника зоны свободной торговли в рамках СНГ, в отношении различных групп молдавской продукции действуют ввозные таможенные пошлины в целях минимизации рисков от экспорта и реэкспорта товаров из третьих стран. В рамках обеспечения фитосанитарной безопасности по линии российских контролирующих органов введены также ограничения на поставку в Россию молдавской подкарантинной плодоовощной продукции. Ее допуск на российский рынок контролируется Россельхознадзором и Роспотребнадзором и осуществляется под гарантии Национального агентства по безопасности пищевых продуктов Молдавии.
В январе 2017 года президент РФ Владимир Путин по итогам переговоров с президентом Молдавии Игорем Додоном заявил, что количество предприятий Молдавии, которые имеют право поставлять продукты на российский рынок, скорее всего, будет увеличиваться.
28 февраля стало известно, что большая часть винодельческих предприятий Молдавии, из 13 обследованных специалистами Роспотребнадзора, смогут возобновить поставки продукции в Россию после проведения лабораторных исследований и окончательной оценки представленной документации.
В мае 2017 года Роспотребнадзор разрешил поставки в страну 20 видов вина, которое производит комбинат "Крикова" (SA "CRICOVA").
С 1996 года работает двусторонняя Межправительственная комиссия по экономическому сотрудничеству (МПК). Очередное заседание МПК состоялось 28-29 ноября 2016 года.
Россия и Молдавия ведут активный диалог по миграционной проблематике, включая вопросы практического взаимодействия при решении проблем молдавских трудовых мигрантов в России. В январе 2017 года президент России Владимир Путин по итогам переговоров с Додоном заявил, что по его указанию создана комиссия на уровне Совета безопасности, занимающаяся вопросом молдавских мигрантов в России.
1 марта 2017 года начала действовать амнистия для трудовых мигрантов из Молдавии. Срок амнистии был рассчитан на 20 дней — до 20 марта.
Амнистию либо легализацию получили около 100 тысяч граждан Молдавии.
Поддерживается гуманитарное сотрудничество. В феврале 2009 года в Кишиневе открылся Центр науки и культуры Российской Федерации.
Свой вклад в развитие исторических традиций и духовной близости народов двух стран вносит российская община, которой оказывается всесторонняя помощь в вопросах обеспечения высшего и среднего образования (стипендии, стажировки преподавателей, олимпиады), изучения русского языка в школах.
Осложнившаяся в предшествующие годы ситуация в приднестровском урегулировании, продолжающиеся попытки оказать экономическое давление на Приднестровье, проблемы, испытываемые российским бизнесом при работе там, рассматриваются как дестабилизирующие факторы, негативно отражающиеся на социальном положении 180 тысяч российских граждан в регионе.
Сознавая свою ответственность за сохранение стабильности вокруг Приднестровья, действуя в качестве гаранта и посредника в переговорном процессе по приднестровскому урегулированию, Россия выступает за эффективное решение приднестровского конфликта. В составе международных миротворческих сил Россия в соответствии с Соглашением 1992 года о принципах мирного урегулирования вооруженного конфликта вносит решающий вклад в обеспечение стабильности в регионе.
В переговорах по приднестровскому урегулированию в формате "5+2" участвуют Молдавия и Приднестровье как стороны конфликта, Россия, Украина, ОБСЕ — в качестве посредников, Евросоюз и США — как наблюдатели. Очередной раунд переговоров в этом формате после двухлетнего перерыва прошел в начале июня 2016 года в Берлине.
