Разработан ПЦР-тест, определяющий штаммы коронавируса

МОСКВА, 8 ноя — РИА Новости. Британские ученые разработали метод аллель-специфической зондовой полимеразной цепной реакции, который может точно обнаруживать различные варианты или линии происхождения коронавируса SARS-CoV-2 в образцах, взятых из носоглотки. Более того, новый метод позволяет обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с разрушенной вирусной РНК. Результаты исследования опубликованы на сервере препринтов medRxiv.org.

Золотым стандартом для обнаружения вирусных вариантов считают методы полногеномного секвенирования нового поколения (NGS). Но образцы для этих методов должны иметь хорошее качество и высокий уровень вирусной РНК. Однако пробы, взятые у пациентов на поздних стадиях COVID-19, часто содержат низкий уровень вирусной РНК. К тому же методы NGS дорогие и недоступны для массового использования.

Авторы разработали метод количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР), который может в реальном времени обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с низким содержанием вирусной РНК или с деградированной РНК, и проверили его в рамках клинического исследования.

Ученые использовали новый метод, который они назвали аллель-специфической зондовой ПЦР, для обнаружения вирусных вариантов в 717 образцах, взятых у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Великобритании, а также в 365 образцах из Бразилии. В первом случае они обнаружили в S-белке вируса мутацию D1118H, характерную для альфа-варианта, а во втором — мутации K417T и L3468V, свойственные гамма-варианту коронавируса.

В обоих случаях они сравнили чувствительность аллель-специфической зондовой ПЦР с методами NGS. Анализ показал, что при 99-процентной сопоставимости обнаруженных вирусных вариантов точность нового метода в образцах с широким диапазоном вирусных нагрузок на 25 процентов выше. Кроме того, он эффективно определил 95 процентов образцов с разрушенной РНК, в то время как методами NGS удается секвенировать не более 11 процентов деградированных образцов.

Метод аллель-специфической зондовой ПЦР показал 98-процентную чувствительность и 100-процентную специфичность для альфа-варианта. Для варианта гамма эти параметры составили 90-95 и 91-100 процентов соответственно.

По словам авторов, еще одно преимущество разработанного метода заключается в том, что он легко модифицируется для нацеливания на новые мутации, которые могут возникнуть в геноме SARS-CoV-2 в будущем, что очень важно для оперативного отслеживания распространения новых штаммов коронавируса.