Заповедник создали 18 декабря 1997 года с целью сохранения эталонной территории европейского севера России, которая охватывает большое разнообразие зональных и интразональных тундровых комплексов.
В настоящее время здесь зарегистрировано 125 видов птиц, из них 15 занесено в Красные книги РФ и Ненецкого автономного округа (НАО); 27 видов млекопитающих, из них 12 видов занесено в Красные книги РФ и НАО; 42 вида рыб, из них редких 3 вида; 339 видов сосудистых растений, из них 35краснокнижных; 162 вида лишайников, редких — 13 видов; 474 вида водорослей, из них редких 2 вида; 111 видов пауков и 105 видов насекомых.
Вся территория заповедника "Ненецкий" находится за полярным кругом и омывается водами Баренцева моря, а его общая площадь составляет 622,9 тысячи гектаров.
