Программа реинтродукции лошади Пржевальского реализуется в заповеднике с 2015 года. По словам главы Минприроды Сергея Донского, это беспрецедентный проект восстановления с нуля на исконной территории целого вида — сегодня лошадь Пржевальского занесена в Красную книгу России как исчезнувший из природы вид.
Для создания устойчивой самоподдерживающейся популяции лошади Пржевальского в заповедник необходимо завезти не менее 30 основателей, принадлежащих к разным племенным линиям и выращенных в условиях полурезерватов, а не городских зоопарков.
Программа рассчитана на период до 2030 года, к этому времени в Оренбургском заповеднике планируется создать полувольную популяцию лошади Пржевальского численностью не менее 100-150 особей.