КАЗАНЬ, 8 авг — РИА Новости, Ирина Дурницына. Профессор Университета Иннополис (Татарстан) Ярослав Холодов и команда ученых из России, США и Франции разработали сверхбыстрый метод моделирования белковых взаимодействий, ускоряющий разработку вакцин и лекарств и открывающий новые возможности для исследователей в биохимии и биомедицине.
Ученые сейчас пытаются решить задачу создания лекарств, не имеющих побочных эффектов, которые будут быстро воздействовать на больные клетки, не затрагивая при этом здоровые. Белок – основной строительный материал клетки. В типичной клетке живого организма одновременно происходят сотни тысяч белковых взаимодействий. Ускорение изучения этих взаимодействий поможет ускорить и разработку новых методов лечения опасных заболеваний, создание новых биоматериалов для изобретения медикаментов.
"В течение нескольких лет совместной работы с командой ученых из России, Франции и США, возглавляемой профессором университета Stony Brook Дмитрием Козаковым, куда также входили Андрей Казеннов и Дмитрий Подгорный, нам удалось разработать и реализовать алгоритм компьютерного моделирования, который способен в десятки раз быстрее аналогичных систем предсказывать структуры белковых комплексов, образующихся при связи двух белков друг с другом", — сообщил РИА Новости Ярослав Холодов.
По его словам, лабораторные эксперименты дороги, так как требуют сложного оборудования и реагентов. Небольшим научным группам доступнее использовать именно компьютерное моделирование. В мире разработаны десятки компьютерных систем прогнозирования для расчета белок-белкового взаимодействия, однако они плохо приспособлены для моделирования большого количества белковых взаимодействий одновременно.
"Существующие алгоритмы проводят мониторинг каждой отдельной конфигурации независимо друг от друга. А новый метод позволяет практически мгновенно провести анализ одновременно всех комплексов, что ускоряет процесс в 10-100 раз. При этом точность вычислений не ухудшается", — пояснил ученый.
Холодов сообщил, что статья с описанием нового метода моделирования белковых взаимодействий в июле опубликована в научном журнале PNAS (США). "Поскольку это фундаментальное исследование, не коммерческая разработка, достаточно опубликовать его результаты в научном журнале. И с этого момента можно говорить о том, что мы сделали", — сказал он, добавив, что разработанный алгоритм стал новой вычислительной начинкой публичного сервера ClusPro, теперь воспользоваться им может любой желающий.
