Убийство Петухова вызвало огромный общественный резонанс, ряд СМИ напрямую связывали его с переделом нефтяных активов в России.
Первоначально расследованием было установлено, что преступление совершили члены так называемой камышинской организованной преступной группировки Попов и Приходько. Вскоре труп подозреваемого Приходько с двумя огнестрельными ранениями был обнаружен недалеко от трассы Нефтеюганск — Тюмень, а чуть позже неизвестные застрелили и Попова. В итоге уголовное дело было прекращено.
31 марта 2005 года, на следующий день после вынесения приговора Алексею Пичугину, находившийся под стражей по обвинению в убийстве женщины-москвички Владимир Шапиро написал заявление о том, что за убийством Петухова стоят Пичугин и экс-акционер ЮКОСа Леонид Невзлин, а себя представил в роли передатчика денег за совершенное преступление. Такого же рода заявление 11 мая 2005 года сделал и обвиняемый в грабежах в Ростовской области Геннадий Шевцов.
В июле 2005 года Генеральная прокуратура РФ предъявила экс-сотруднику ЮКОСа Алексею Пичугину новые обвинения, в том числе в организации убийства главы администрации Нефтеюганска Петухова.
По версии следствия, в 1998-2002 годах члены организованной группы по указанию экс-акционера ЮКОСа Леонида Невзлина совершили ряд убийств, в том числе мэра Нефтеюганска Владимира Петухова.
Следствие считает, что Пичугин организовал убийство Петухова по указанию Невзлина, для убийства он привлек членов организованной им и Невзлиным преступной группы — Горина, Горитовского, Шапиро, Решетникова и Цигельника. Именно Решетников и Цигельник расстреляли Петухова и его охранника, в результате чего мэр погиб, а его охраннику были причинены тяжкие телесные повреждения.
Генпрокуратура в июле 2004 года заочно предъявила Невзлину обвинение в организации убийств и покушений на убийства. 1 августа 2008 года Мосгорсуд заочно приговорил к пожизненному заключению Леонида Невзлина, он признан виновным в организации убийств, покушений на убийства и организации разбойного нападения. С лета 2003 года Невзлин проживает в Израиле, где получил гражданство. Россия добивается от Израиля его экстрадиции. Сам бизнесмен категорически отвергает все выдвинутые против него в РФ обвинения.
6 марта 2006 года Генеральная прокурора Российской Федерации утвердила обвинительное заключение и направила в Мосгорсуд уголовное дело в отношении Алексея Пичугина, а также Владимира Шапиро, Геннадия Цигельника, Евгения Решетникова, Михаила Овсянникова и Владислава Левина, которые обвиняются в нескольких убийствах в 1998 году, среди которых убийство главы администрации Нефтеюганска Владимира Петухова, требовавшего от НК ЮКОС возврата сокрытых налогов и сборов в федеральный, региональный и местный бюджет.
17 августа 2006 года Мосгорсуд приговорил Алексея Пичугина к 24 годам лишения свободы за совершенные убийства, в том числе Владимира Петухова. Еще пяти подсудимым суд назначил наказание в виде лишения свободы на срок от 7,5 до 19 лет с отбыванием наказания в колонии строгого режима.
21 февраля 2007 года Верховный суд РФ отменил приговор в отношении Алексея Пичугина и направил дело на новое рассмотрение.
6 августа 2007 года Мосгорсуд признал Алексея Пичугина виновным в организации убийств и покушений на убийство, в том числе в убийстве Владимира Петухова, и приговорил его к пожизненному заключению.
Пичугин направил жалобу в Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ).
23 октября 2012 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) счел несправедливым судебное разбирательство в России по делу Алексея Пичугина, пожизненно осужденного за организацию убийств. Также ЕСПЧ постановил взыскать с РФ в пользу Пичугина 9,5 тысячи евро в качестве компенсации морального вреда и судебных издержек.
30 июня 2015 года Следственный комитет РФ сообщил, что в связи с вновь открывшимися обстоятельствами принято решение о возобновлении расследования уголовного дела об убийстве в 1998 году мэра Нефтеюганска Владимира Петухова.
По появившейся в распоряжении Следственного комитета оперативной информации, в роли заказчика этого убийства и ряда других особо тяжких преступлений мог выступать непосредственно руководитель ЮКОСа Михаил Ходорковский.
6 августа в Следственном комитете был допрошен 82-летний отец Михаила Ходорковского Борис. По предположению адвокатов, вызов произошел в рамках возобновленного уголовного дела об убийстве Владимира Петухова.
11 декабря 2015 года Следственный комитет РФ заочно обвинил экс-главу ЮКОСа Михаила Ходорковского в организации убийства мэра Нефтеюганска, покушении на убийство сопровождавшего его Вячеслава Кокошкина, а также покушении на управляющего компании "Ист Петролеум Хандельсгез" Евгения Рыбина. По данным следствия, Ходорковский, являясь акционером и председателем правления нефтяной компании ЮКОС, поручил подчиненным ему сотрудникам компании Леониду Невзлину и Алексею Пичугину, а также другим лицам убийство Петухова и Рыбина, чья служебная деятельность противоречила интересам ЮКОСа.
На 11 декабря также был назначен допрос Михаила Ходорковского в центральном здании СК РФ в Москве, однако ни к обозначенному времени, ни позже сам Ходорковский и никто из представителей бизнесмена в здании не появился.
Экс-глава ЮКОСа после предъявления ему обвинений написал в Twitter, что Пичугин до сих пор не пошел на сделку со следствием, но сотрудничество с СК РФ, по мнению Ходорковского, может облегчить его судьбу. Бизнесмен призвал Пичугина "сделать это". В свою очередь адвокат экс-главы службы безопасности нефтяной компании ЮКОС Ксения Костромина заявила, что Алексей Пичугин не собирается давать показания против своего бывшего начальника Михаила Ходорковского.
23 декабря 2015 года стало известно, что Михаил Ходорковский объявлен в международный розыск.
11 февраля 2016 года стало известно, что российское бюро Интерпола направило запрос о розыске экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского в генеральный секретариат международной полицейской организации по трем статьям Уголовного кодекса РФ, одна из них — убийство. Интерпол отклонил запрос России о розыске Ходорковского.
25 апреля 2016 года официальный представитель Генпрокуратуры России Александр Куренной сообщил, что Интерпол может вернуться к рассмотрению запроса об объявлении экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского в международный розыск, если Россия подготовит соответствующие материалы.
17 мая 2016 года стало известно, что Генеральная прокуратура РФ направила в Интерпол часть дополнительных документов, собранных для объявления в розыск Михаила Ходорковского.
9 июня 2016 года стало известно, что экс-сотрудник службы безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин, осужденный пожизненно, получил отказ в прошении о помиловании.
По данным СМИ, Пичугин обратился с прошением о помиловании 27 ноября 2015 года, так и не признав своей вины.
Материал подготовлен на основе информации РИА Новости и открытых источников
