Малая синагога была построена в 1886 году, на семь лет раньше Большой хоральной синагоги, частью которой она теперь является. В советские годы именно Малая синагога стала центром и средоточием еврейской религиозной жизни в Петербурге. Малая синагога функционировала даже в годы блокады; несмотря на холод, прихожане сохранили ее уникальную мебель. В 2011 году здание синагоги было закрыто на реставрацию.
"Малую синагогу можно назвать старейшей в городе. До этого в Петербурге были лишь временные молельни для евреев. Открытие синагоги после реставрации, которая длилась четыре года, является очень долгожданным для нас событием" — сказала РИА Новости руководитель пресс-службы Большой хоральной синагоги Санкт-Петербурга Анна Бродоцкая.
Она подчеркнула, что Малая синагога очень ценна для еврейской общины города и долгие годы активная религиозная жизнь общины проходила именно там. "Мы постарались приурочить открытие обновленной синагоги к празднику еврейского нового года — Рош ха-Шана. Это очень символично" — сказала Бродоцкая.