В сентябре 1999 года началась новая фаза чеченской военной кампании, которая получила название контртеррористической операции на Северном Кавказе (КТО).
Поводом для начала операции послужило массированное вторжение 7 августа 1999 года в Дагестан с территории Чечни боевиков под общим командованием Шамиля Басаева и арабского наёмника Хаттаба.
Подразделения так называемой "Исламской миротворческой бригады" Басаева и Хаттаба (по разным данным, численностью от 400 до 1,5 тысячи боевиков), беспрепятственно вошли в Ботлихский район Дагестана и захватили пять населенных пунктов (Ансалта, Рахата, Тандо, Шодрода, Годобери).
5 сентября 1999 года около двух тысяч боевиков заняли господствующие высоты в Новолакском районе Дагестана, рассчитывая захватить города Хасавюрт и Буйнакск с последующим выходом к Махачкале. Крупные силы незаконных вооруженных формирований (НВФ) сосредоточились на кизлярском направлении. Общая численность боевиков на дагестано-чеченской границе достигла 10 тысяч человек.
Силовые структуры России в район вторжения выдвинули подразделения 136-й бригады министерства обороны, 102-й бригады внутренних войск МВД, милицейские формирования местного и центрального подчинения. Командование Объединенной группировкой было возложено на командующего войсками Северо-Кавказского военного округа генерал-полковника Виктора Казанцева.
В эти же дни — 4-16 сентября — в нескольких городах России (Москве, Волгодонске и Буйнакске) была осуществлена серия террористических актов — взрывы жилых домов.
В середине сентября российским руководством было принято решение о проведении военной операции по уничтожению боевиков на территории Чечни. 18 сентября границы Чечни были блокированы российскими войсками.
23 сентября президент РФ издал Указ "О мерах по повышению эффективности контртеррористических операций на территории Северо-Кавказского региона Российской Федерации", предусматривающий создание Объединенной группировки войск (сил) на Северном Кавказе для проведения КТО.
23 сентября российская авиация начала бомбардировки столицы Чечни и ее окрестностей.
К 25 сентября федеральные силы выбили отряды НВФ из Дагестана, продолжив их ликвидацию на территории Чечни.
30 сентября началась наземная операция — бронетанковые подразделения российской армии со стороны Ставропольского края и Дагестана вошли на территорию Наурского и Шелковского районов республики.
В декабре 1999 года была освобождена вся равнинная часть территории Чеченской Республики. Боевики сосредоточились в горах (около 5 тысяч человек) и осели в Грозном.
7 февраля 2000 года Грозный был взят под контроль федеральных сил. Для борьбы в горных районах Чечни, кроме восточной и западной группировок, действовавших в горах, была создана новая группировка "Центр".
Поcледней крупномасштабной операцией была ликвидация группировки Руслана Гелаева в районе села Комсомольское (5-20 марта 2000 года). После этого боевики перешли на диверсионно-террористические методы ведения войны, а федеральные силы противопоставили террористам действия спецподразделений и операции МВД.
20 апреля 2000 года первый заместитель начальника Генштаба генерал-полковник Валерий Манилов заявил об окончании войсковой части контртеррористической операции в Чечне и переходе к спецоперациям.
В январе 2001 года начался постепенный вывод из Чечни войск МО. Было объявлено, что на постоянной основе здесь остаются лишь 42-я мотострелковая дивизия МО (15 тысяч человек) и бригада Внутренних войск МВД (7 тысяч человек). Руководство КТО возлагалось на Федеральную службу безопасности (ФСБ) РФ. Первоочередной задачей становилось проведение спецопераций по уничтожению оставшихся мелких НВФ и их лидеров.
Во время проведения КТО в Чечне в 2002 году в Москве был совершен захват заложников в Театральном центре на Дубровке. В 2004 году произошла череда террористических атак: террористами был взорван заполненный людьми вагон метро на станции "Автозаводская" в Москве,
9 мая во время праздничных мероприятий в Грозном, посвященных Дню Победы, в ходе теракта был убит президент Чечни Ахмат Кадыров, в августе террористки-смертницы взорвали в воздухе два самолета — Ту-154 и Ту-134, 1 сентября совершен захват заложников в школе № 1 города Беслана в Северной Осетии.
В 2005 году, после уничтожения Масхадова, Хаттаба, Бараева, Абу аль-Валида и многих других полевых командиров, интенсивность диверсионно-террористической деятельности боевиков значительно снизилась. Единственная масштабная операция боевиков (рейд на Кабардино-Балкарию 13 октября 2005 года) завершилась провалом.
С полуночи 16 апреля 2009 года Национальный антитеррористический комитет (НАК) России по поручению президента Дмитрия Медведева отменил режим КТО на территории Чеченской Республики.
За два года активных военных действий в рамках КТО (с октября 1999 года по октябрь 2001 года) потери федеральных сил оцениваются в 3 438 человек погибшими и 11 661 ранеными, потери боевиков — около 11 тысяч человек.
Безвозвратные потери среди гражданского населения, по оценкам, составили 5,5 тысячи человек, из них убито около 4 тысяч человек.
Количество людей, пропавших без вести, не поддается точной оценке.
(Дополнительный источник: Военная энциклопедия. Воениздат, Москва. В 8 томах. 2004 г.)
Материал подготовлен на основе информации РИА Новости и открытых источников