Концепцию и сценарии "Спокойной ночи, малыши!" начали разрабатывать и писать с 26 ноября 1963. Первый выпуск программы вышел в эфир 1 сентября 1964 года.
Изначально передача представляла из себя картинки с закадровым текстом. Со временем в ней появились кукольные герои – Буратино, заяц Тепа, Шустрик и Мямлик. Еще позднее в роли ведущих стали выступать поросенок Хрюша, ворона Каркуша, пес Филя и заяц Степашка.
Персонажей, таких какими их видят сейчас, создали в 1976 году. До этого у Хрюши были копыта, а Филя ходил на четырех лапах.
"Куклы следует менять раз в четыре-пять лет. Но нашим нынешним куклам гораздо больше. Около 12. Благодаря тому, что последний раз их хорошо сделали, и они до сих пор находятся в хорошем состоянии", – рассказала костюмер программы "Спокойной ночи, малыши!" Юлия Комарова.
За один съемочный день в студии телецентра "Останкино" команда "Спокойной ночи, малыши!" записывает по три-четыре программы. Передача выходит ежедневно в прайм-тайм. Рейтинги, по словам продюсеров, стабильные, а количество просмотров в интернете у каждого выпуска не меньше, чем полмиллиона.