Николай Игнатович Кондратенко родился 16 февраля 1940 года в станице Пластуновской Динского района Краснодарского края.
По окончании в 1956 году средней школы вступил в местный колхоз "Красная звезда", где работал до призыва в 1959 году в ряды Советской Армии.
В 1966 году Кондратенко окончил Кубанский сельскохозяйственный институт. Работал агрономом в колхозе "Красная звезда". С 1969 года — на партийной работе. В 1982 году стал директором Северо-Кавказского объединения сахарной промышленности. Кондратенко был заведующим отделом сельского хозяйства и секретарем Краснодарского крайкома КПСС. В июне 1987 года был избран председателем Краснодарского краевого исполкома.
Весной 1989 года был избран народным депутатом СССР. В 1990-1991 годах возглавлял краевой Совет депутатов.
В декабре 1993 года был избран в Совет Федерации. Являлся членом Комитета по аграрной политике.
В декабре 1995 году Кондратенко баллотировался в депутаты Государственной Думы. Первоначально возглавил региональный список блока "Власть — народу!", но затем вышел из него и выдвинулся от избирательного объединения "Отечество". Кондратенко уступил Александру Ткачеву, набрав 20,90% и опередив его лишь в пяти сельских районах.
До осени 1996 года работал советником на предприятии "Кубаньгазпром", преподавал в Кубанском сельскохозяйственном университете.
С 1996 по 2001 год Кондратенко руководил Краснодарским краем, победив на выборах главы администрации края.
С января 2001 по январь 2004 года являлся представителем Краснодарского края в Совете Федерации. Входил в Комитет по аграрно-продовольственной политике. 7 декабря 2003 года Кондратенко был избран депутатом Государственной Думы четвертого созыва по общефедеральному списку избирательного объединения КПРФ.
В январе 2008 года стал сенатором от Краснодарского края в Совете Федерации.
Кондратенко был награжден медалью "За трудовую доблесть", орденом "Знак Почета", орденом Трудового Красного Знамени и орденом "За заслуги перед Отечеством" IV степени.
