Макаров был трижды избран на пост мэра и руководил городом до 2006 года. В декабре 2006 года Макаров был арестован, его обвинили в ряде должностных преступлений, в том числе в вымогательстве, мошенничестве, а также в хранении наркотиков. Тогда же по решению суда Макаров временно отстранен от должности. В ноябре 2010 года Томский облсуд признал экс-мэра виновным в превышении должностных полномочий и получении взятки по семи эпизодам обвинения и приговорил его к 12 годам колонии.
После ареста Макарова обязанности главы города первые полгода исполнял заместитель мэра Игорь Шатурный. После того, как в июне 2007 он был назначен заместителем губернатора по ЖКХ и ГО и ЧС, исполнять обязанности мэра стал назначенный на должность первого вице-мэра Николай Николайчук, который ранее был спикером городской Думы.
Николайчук, выдвинутый "Единой Россией", был избран во втором туре 15 марта 2009 года. Он набрал 50,66% голосов избирателей, его оппонент самовыдвиженец депутат Гордумы Александр Деев — 46,67% голосов. Таким образом, Николайчук, который почти два года руководил городской администрацией в качестве и. о., стал вторым за историю Томска избранным жителями города мэром. Срок его полномочий истекал в 2014 году.
