Цветение реки замечено в районе набережной Тараса Шевченко Специалисты связывают это с тем, что в реке заторможены процессы самоочистки. На Москве-реке стоят восемь гидротехнических сооружений, которые притормаживают скорость.
На речном дне с каждым годом скапливается все больше токсичных отложений. Они попадают в реку с поверхностными сточными водами, удобрениями с полей, коммунальными и канализационными стоками.
Специалисты сходятся во мнении, что реку необходимо раз в несколько лет "промывать". Для этого во время весеннего половодья на короткий период времени увеличить на 20-30 процентов скорость ее течения за счет сброса воды с Можайского и Истринского водохранилищ.