Основу кишечной микрофлоры составляют анаэробные, то есть приспособленные жить без кислорода, бактерии. В порядке убывания преобладают следующие роды: Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, Clostridium, Peptococcus, Peptostreptococcus, Ruminococcus. Аэробные бактерии, для жизни которых необходим кислород, по понятным причинам составляют значительно меньшую долю кишечной флоры и включают: Escherichia (кишечная палочка), Enterobacter, Enterococcus, Klebsiella, Lactobacillus, Proteus, Salmonella и др.