Владимир Анисимов родился 15 мая 1956 года в Новосибирске. Окончил Новосибирский институт инженеров водного транспорта и Новосибирский государственный технический университет, кандидат экономических наук. С 1983 года работал в Ленинском райкоме КПСС Новосибирска на руководящих должностях. В 1996 году назначен главой администрации Ленинского района - заместителем мэра Новосибирска. С 1997 года возглавлял департамент энергетики, жилищного и коммунального хозяйства Новосибирска в должности заместителя мэра - директора департамента. С 2003 года работал первым заместителем мэра.
В 2004 году перешел на работу в администрацию Новосибирской области.