Бывший председатель Правления ОАО "НК "ЮКОС" Михаил Ходорковский был задержан правоохранительными органами 25 октября 2003 года. В этот же день управление информации и общественных связей Генпрокуратуры сообщило, что Ходорковскому предъявлено обвинение по нескольким статьям Уголовного кодекса РФ: по статьсям 159 ч. 3 (мошенничество в крупном размере), 160 ч. 1 (присвоение или растрата), 165 (причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана или злоупотребления доверием), 198 ч. 2 (уклонение от уплаты налога физическим лицом), 199 ч. 2 (уклонение от уплаты налога организацией), 315 (злостное неисполнение решения суда) и 327 ч. 2 (неоднократная подделка документов).
По мнению следственных органов, Ходорковский давал указания председателю Совета директоров ЗАО "МФО "МЕНАТЕП" Платону Лебедеву относительно хищения 20% акций компании "Апатит" (в результате чего ущерб государства составил 283 млн. долларов) и перепродажи продукции компании на мировом рынке по ценам, вдвое превышавшим отпускные внутрироссийские цены (ущерб государства – 220 млн долларов). Также Ходорковский и Лебедев вместе организовали схему уклонения ОАО "НК "ЮКОС" от налогов через ЗАТО "Лесное" и другие внутренние оффшоры векселями этой нефтяной компании (ущерб государства – 550 млн долларов). Помимо этого, Ходорковский в 1998‑1999 гг., получив патент ПБОЮЛ, заключил соглашение о консультировании некоей иностранной компании и вместо подоходного налога заплатил лишь вмененный налог для ПБОЮЛ, сэкономив, таким образом, на уплате налогов.
Бывший председатель Совета директоров ЗАО "МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев был задержан 2 июля 2003 года по подозрению в хищении принадлежавших государству 20 процентов акций мурманского ОАО "Апатит" на сумму 283 миллиона 142 тысячи долларов. Основанием для возбуждения уголовного дела и задержания Лебедева стали материалы проверки, проведенной Генпрокуратурой по запросу депутата Госдумы, заместителя председателя комитета по экономической политике и предпринимательству Владимира Юдина. Ему предъявили обвинения по трем статьям Уголовного кодекса РФ: статье 159 ("хищение чужого имущества, путем обмана, в составе организованной группы, в крупном размере"; статье 315 ("злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации"); статье 165 ("причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана, при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере"). Позже ему были предъявлены обвинения по статье 199 Уголовного Кодекса РФ ("уклонение от уплаты налогов с организации в особо крупном размере, группой лиц по предварительному сговору, неоднократно"); статье 198 ("уклонение физического лица от уплаты налога или страхового взноса в государственные внебюджетные фонды, совершенное в особо крупном размере"); а также – по статье 327 ("подделка официальных документов, совершенная неоднократно") и статье 160 ("присвоение или растрата чужого имущества организованной группой, в крупном размере").
1 апреля 2004 г. Генеральная прокуратура РФ обнародовала подробности обвинения, предъявленного Лебедеву. Так, следствием было установлено, что Лебедев, занимая должности президента ОАО "КБ "МЕНАТЕП" и члена советов директоров ЗАО "МФО "МЕНАТЕП" и СП "Рашн Траст энд Трэйд" (РФ – Швейцария), в 1994 г. вошел в организованную группу лиц, созданную и руководимую Михаилом Ходорковским с целью завладения акциями предприятий РФ в период проведения приватизации, причем мошенническим путем, и совместно с Ходорковским руководил этим, признанным следствием преступным, процессом.
8 июня 2004 г. Мещанский районный суд г. Москвы принял решение об объединении уголовных дел в отношении экс-председателя Правления ОАО "Нефтяная компания "ЮКОС" Михаила Ходорковского и экс-председателя Совета директоров ЗАО "МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева.
31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены Мещанским райсудом к 9 годам лишения свободы каждый. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 года срок был снижен до 8 лет. Они были признаны виновными по шести статьям УК, в том числе в мошенничестве, хищении денежных средств у государства, хищении ценного сырья апатитового концентрата в крупных размерах, нескольких неисполнениях решений арбитражных судов, уклонении от уплаты налогов с физических и юридических лиц.
В октябре 2005 года Ходорковский был этапирован в колонию ЯГ 14/10 в городе Краснокаменск Читинской области, Платон Лебедев был этапирован в колонию, расположенную в поселке Харп Ямало-Ненецкого автономного округа. В декабре 2006 года оба переведены в СИЗО г. Читы.
5 февраля 2007 г. Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ: статье 160 – хищение путем присвоения, статье 174 – легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества. 9 февраля 2007 года Генпрокуратура конкретизировала свои обвинения. Им вменялось хищение акций дочерних организаций ОАО "Восточная нефтяная компания" в ноябре 1998 года, переоформленных позже на ряд зарубежных оффшорных компаний. Кроме того, по версии следствия, в 1998 – 2004 годах Лебедев и Ходорковский участвовали в хищении нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть". Нефть с этих предприятий они якобы сначала покупали по себестоимости (под видом так называемой "скважинной жидкости"), а затем через подконтрольные фирмы продавали по цене, завышенной примерно в 3-4 раза. Общая сумма похищенной нефти, по версии Генпрокуратуры, составила более 850 млрд рублей, из которых было легализовано 450 млрд рублей и 7,5 млрд долларов.
1 июля 2008 года отдел взаимодействия со СМИ Следственного комитета сообщил, что Главное следственное управление СКП РФ предъявило новое обвинение Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву, которым вменяется хищение почти 350 млн тонн нефти, а также отмывание 487 млрд рублей и 7,5 млрд долларо
3 июля 2008 года экс-глава "ЮКОСА" Михаил Ходорковский и экс-глава МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев начали знакомиться с материалами нового уголовного дела. По словам адвокатов Ходорковского и Лебедева, материалы нового уголовного дела составляют 164 тома. Согласно заявлению адвокатов Ходорковского "за несколько часов внимательного изучения документа, состоящего из 145 листов плотного текста, понять, в чем состоит его "новизна", защите не удалось".
16 июля 2008 года защита Михаила Ходорковского подала в суд ходатайство об условно-досрочном освобождении подзащитного.
21 августа Ингодинский суд Читы отказал Михаилу Ходорковскому в условно-досрочном освобождении. По заявлению прокурора Алексея Федорова, "Ходорковский не раскаялся в содеянном и не встал на путь исправления".
16 февраля 2009 года замгенпрокурора РФ Виктор Гринь утвердил обвинительное заключение по новому уголовному делу в отношении бывшего главы ОАО "НК ЮКОС" Михаила Ходорковского и бывшего главы МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева.
Согласно сообщению Генпрокуратуры, в ходе предварительного следствия установлено, что обвиняемые в составе организованной группы с основными акционерами ОАО "НК "ЮКОС" и другими лицами совершили хищение путем присвоения акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" в период с 6 ноября по 12 июня 1998 гг. на сумму 3,6 миллиарда рублей".
Кроме того, Ходорковского и Лебедева обвиняют в легализации похищенных акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" в 1998 – 2000 годах на ту же сумму, хищении путем присвоения нефти дочерних акционерных обществ ОАО "НК ЮКОС" в 1998 – 2003 годах, нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" ВНК на сумму более 892,4 млрд рублей и легализации части этих средств в 1998 – 2004 годах в размере 487,4 млрд рублей и 7,5 млрд долларов.
17 февраля руководитель пресс-службы Морсгорсуда Анна Усачева сообщила, что новое уголовное дело Михаила Ходорковского и Платона Лебедева поступило в Хамовнический суд Москвы.
Предварительные слушания по делу проходили с 3 по 17 марта. В ходе заседаний защита заявила свыше 40 ходатайств, в том числе о прекращении уголовного дела, однако все они были оставлены без удовлетворения. Прокуратура просила сохранить Ходорковскому и Лебедеву меру пресечения в виде содержания под стражей, это ходатайство суд удовлетворил.
31 марта 2009 года Хамовнический суд Москвы начал слушания по существу по второму уголовному делу в отношении экс-главы НК "ЮКОС" Михаила Ходорковского и главы МФО "МЕНАТЕП" Лебедева.
16 апреля 2009 года прокуратура завершила оглашение в суде обвинительного заключения по второму делу в отношении экс-главы ЮКОСа Михаила Ходорковского и главы МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева. Гособвинитель Валерий Лахтин начал оглашать документ 7 апреля.
21 апреля 2009 года Михаил Ходорковский и бывший руководитель МФО "МЕНАТЕП" Платон Лебедев, выступая в суде, отвергли все обвинения, предъявленные им в рамках второго уголовного дела.
22 сентября 2009 года адвокат Платона Лебедева Константин Ривкин сообщил, что 18 сентября прокуратура завершила представлять письменные доказательства, а 28 сентября начнется допрос свидетелей гособвинения.
