Футбольный клуб московского «Локомотива» ведет свою историю с 1923 г., когда был образован Клуб им. Октябрьской революции (КОР), объединивший сильнейших футболистов Казанской и других железных дорог Московского узла.
В конце 20 х и начале 30 х годов КОР постоянно фигурирует в числе сильнейших футбольных коллективов Москвы, многие его представители (в частности, центровая тройка нападения первой команды КОРа Чеснов – Загрядский – Дементьев, левый край Холин) входят в состав сборных команд Москвы. В 1935 г., когда было создано Добровольное спортивное общество железнодорожников «Локомотив», в его футбольную команду, представляющую столицу, вошли лучшие игроки КОРа, а также ряд других профсоюзных футболистов: Гранаткин, Ильин, Соколов, Теренков, Жуков, Гвоздков.
Московский «Локомотив» матчем с динамовцами Ленинграда 22 мая 1936 г. открыл розыгрыш первого клубного чемпионата СССР по футболу. В этом турнире заняли 5 е место. В осеннем чемпионате того же года «Локомотив» поднялся на ступеньку выше.
Но самого большого своего успеха «Локомотив» добился в перерыве между двумя чемпионатами страны 1936 г., став первым обладателем Кубка СССР.
В 1937 1940 гг. московский «Локомотив» в чемпионатах страны неизменно демонстрировал хорошую игру, монолитность и стабильность всех своих линий. Это подтверждалось результатами в чемпионатах страны: в 1937 г. – 6 е место, в 1938 м – 8 е, в 1939 м – 5 е, в 1940 м – 6 е. В турнирах 1936–1940 гг. лишь московский «Спартак» и тбилисское «Динамо» постоянно занимали места выше «Локомотива».
Не так удачно выступал «Локомотив» в розыгрыше Кубка СССР: в 1937 г. выбыл в 1/2 финала от московского «Динамо» (1:4), в 1938 м в 1/16 финала уступил киевскому «Динамо» (0:2), в 1939 м в 1/8 финала – московскому «Спартаку» (0:1).
В команду пришли молодые талантливые игроки: защитник Иван Станкович (в «Локомотиве» в 1937 – 1939 гг.), полузащитники Владимир Мошкаркин (1938 – 1940) и Александр Прохоров (1940), нападающий Василий Карцев (1939 – 1940). Позже все они перешли в другие московские клубы: «Динамо», ЦДКА и «Торпедо». Форвард Владимир Огурцов провел в клубе четыре сезона (1937 – 1940), а Виктор Лахонин играл в «Локомотиве» с 1938 по 1950 г. (вначале в роли нападающего, а после войны – полузащитником). Тренировал команду, начиная с 1937 г., Михаил Сушков.
В 1941 г. футболисты «Локомотива» вошли в состав вновь сформированных первой и второй сборных профсоюзов.
В 1945 1950 гг. в розыгрышах Кубка СССР «Локомотив» выступал неудачно. Тренировали команду Дмитрий Максимов (1948) и Гавриил Качалин (1949, 1950).
В 1952 г. «Локомотив» во второй раз в своей истории вернулся в высшую лигу. В этот год он в турнирной таблице занял 9 е место. В следующем сезоне тренерское место занял бывший тренер ЦДКА – ЦДСА Борис Аркадьев. Под его руководством клуб занимал следующие места в чемпионатах страны: 1953 г. – 6 е, 1954 г.–10 е, 1955 г. – 5 е, 1956 г.–10 е, 1957 г. – 4 е, 1958 г.–5 е, 1959 г. – 2 е, 1960 и 1961 гг. – 5 е; выигрыш Кубка СССР в 1957 г., выступление в финале кубковых соревнований в 1953, 1955, 1958 гг.
Многие игроки «Локомотива» вошли в список 33 лучших футболистов страны. Это были Герман Апухтин, Виталий Артемьев, Юрий Ковалев, Владимир Маслаченко, Евгений Рогов, Виктор Ворошилов, Валентин Бубукин, Вячеслав Спиридонов.
В 1962 г. «Локомотив» занял 13 е место на чемпионате страны, в следующем сезоне – 17 е и в третий раз в своей истории выбыл из высшей лиги. На тренерском посту Бориса Аркадьева сменил в 1967 г. Валентин Бубукин.
В 1972 г. «Локомотив» вернулся в высшую лигу (на один сезон), а затем с 1975 г. играл в ней еще шесть лет.
В 1972 – 1978 гг. командой руководил Игорь Волчок, в 1979 – 1980 гг. – Виктор Марьенко.Показатели команды в эти годы: 1972 г.– 15 е место, 1975 г. – 11 е, 1976 г. (весна) – 15 е, 1976 г. (осень) – 8 е, 1977 г. – 7 е, 1978 г. – 15 е, 1979 г. – 12 е, 1980 г. – 18 е.
Лучшими в эти годы были вратари Золтан Милее, Валерий Самохин и Валерий Новиков, защитники Владимир Перегонцев, Сергей Камзулин, Владимир Рятсовский, Алексей Овчинников, Николай Калайчев и Евгений Александров, полузащитники Юрий Семин, Анатолий Соловьев и Александр Аверьянов, нападающие Гиви Нодия, Валерий Газзаев, Владимир Эштреков и Валерий Петраков, а в самом конце 1970 х годов – защитник Борис Кузнецов, нападающие Юрий Пантелеев, Николай Бадусов и Владимир Муханов. В двух последних сезонах «Локомотива» в высшей лиге отличился в качестве снайпера Петраков.
Лучшим бомбардиром «Локомотива» за сезон остался Виктор Ворошилов (1961 г.– 19 голов), больше всего мячей в чемпионатах СССР у Виктора Соколова (80), больше всего матчей за «Локомотив» сыграл Валентин Бубукин (232).
Семь сезонов московский «Локомотив» играл во второй лиге.
С приходом на место главного тренера Юрия Сёмина в 1986 г. результаты «Локомотива» стали улучшаться — после 7 лет подряд, проведённых в 1 й Лиге, в 1988 году клуб вернулся в элиту советских чемпионатов, а в 1990 г. дошёл до финала Кубка СССР, где уступил киевскому «Динамо».
С 1992 по 2006 гг. президентом клуба был Валерий Филатов, а тренировал клуб вплоть до вызова в сборную в 2005 г. тренерский тандем Юрий Сёмин (главный тренер) — Владимир Эштреков. Первое чемпионство пришло к команде в 2002 г. В том же году открылся ультрасовременный стадион «Локомотив». В 1998 и 1999 гг. команда дважды подряд доходила до 1/2 финала Кубка Обладателей Кубков.
В 2001—2003 гг. «Локомотив» участвовал в основном раунде Лиги Чемпионов и дважды выходил в дальнейшие стадии соревнований.
В 2005 г. после почти 19 лет тренерской работы (с перерывом в 1991 г.) с поста главного тренера команды ушёл Юрий Сёмин. Его место занял Владимир Эштреков, который добился с командой третьего места в чемпионате России и выхода в плей офф Кубка УЕФА.
С декабря 2005 г. по 5 октября 2006 г. команду тренировал сербский специалист Славолюб Муслин. Конец сезона 2006 г. клуб провёл под руководством Олега Долматова.
26 декабря 2006 г. на заседании Совета Директоров клуба было принято решение назначить в качестве Президента клуба Юрия Сёмина, а тренером назначить Анатолия Бышовца.
По окончании чемпионата России 2007 г. несмотря на победу в Кубке России, за невыполнение поставленной задачи Юрий Сёмин и Анатолий Бышовец были освобождены от занимаемых должностей. Исполняющим обязанности главного тренера был назначен Ринат Билялетдинов. 6 декабря того же года трехлетний контракт с «Локомотивом» подписал бывший тренер пермского «Амкара» Рашид Рахимов.
В 2008 году «Локомотив» занял 8-ое место в итоговой турнирнй таблице; руководство клуба приняло решение оставить на посту тренера Рахимова.
31 января 2009 г. президент клуба Николай Наумов на пресс-конференции озвучил планы на текущий год. Согласно им «задача сезона выиграть Кубок России и первенство страны».
