О финансовых трудностях авиакомпании российские СМИ заговорили еще в конце 2008 года, когда стало известно, что по поручению Росимущества S7 проверяют представители Минтранса и Росавиации. Чиновники расследовали сообщения о попытках частных акционеров перевести часть активов S7 в авиакомпанию «Глобус», начавшую полеты с марта 2008 года. В декабре 2008 года гендиректор S7 Владислав Филев направил туроператорам письмо с указанием перечислять выручку в «Глобус», но позже это письмо было отозвано. Российские СМИ сообщили, что частные акционеры S7 продали «Глобус» за долги.
Первое подтверждение того, что компания попала в тяжелое положение, появилось в январе 2009 года. Турецкий девелопер Enka подал иск к S7, потребовав от авиакомпании оплатить полугодовую задолженность в 1,5 миллиона долларов за аренду офиса в московском комплексе, принадлежащем застройщику. В противном случае Enka обещала выселить арендатора.
Позже стало известно, что S7 отказалась покупать у американской корпорации Boeing 15 лайнеров Boeing 787 Dreamliner («Лайнер мечты»). Причем первоначально известно об этом стало из сообщения самого Boeing, для которого это первый отказ от его флагманского самолета. Сумма контракта составляла более 2 миллиардов долларов.
В начале декабря 2008 года ООО «ЛУКОЙЛ-Аэро» («дочка» ЛУКОЙЛа) подало два иска к авиакомпании S7 на общую сумму 927,247 миллиона рублей о взыскании долгов за поставку топлива.
К середине февраля 2009 года задолженность S7 по кредитам и займам составляла 10,66 миллиарда рублей. Лишь 12% этой суммы выдано без обеспечения, остальное обеспечено поручительствами, имуществом авиакомпании и ее акциями. Причем в залоге у банков находятся практически все активы S7 – от самолетов и двигателей до административных зданий. На 1 января залоговая стоимость этого имущества составляла примерно 6,1 миллиарда рублей. Кроме того, по кредиту Сбербанка заложен контрольный пакет S7.
До конца года авиакомпании предстоит погасить 3,93 миллиарда рублей. При этом на 1 февраля ее наличность составляла лишь 130 миллионов рублей.
В марте структуры «Альфа-групп» стали владельцами половины компаний «Сибирь Техник» и «С7 Инжиниринг», занимающихся техобслуживанием самолетов «Сибири» и ее дочерней авиакомпании «Глобус». Таким образом были реализованы залоги по кредитам Альфа-банку.
В конце марта Арбитражный суд города Москвы утвердил два мировых соглашения, заключенных между ОАО «Авиакомпания «Сибирь» (торговая марка S7) и ООО «ЛУКОЙЛ-Аэро», и устанавливающих график погашения задолженности за поставки авиационного керосина в общей сумме 886,4 миллиона рублей.
В начале мая новосибирский международный аэропорт «Толмачево» подал в суд иск к авиакомпании «Сибирь» по взысканию с перевозчика долгов за аэропортовое обслуживание, которые в сумме составляют около 100 миллионов рублей.
Руководство международного аэропорта "Владивосток" приняло решение с 21 мая прекратить обслуживание рейсов авиакомпании "Сибирь" из-за миллионного долга за наземное обслуживание. По состоянию на 21 мая 2009 года, долг компании составляет 1,272 миллиона рублей.
