Василий Макарович Кононов родился 1 января 1923 года в латвийской деревне Малые Баты Лудзенского уезда. Во время Второй мировой войны он был командиром отряда 1-й Латвийской партизанской бригады, воевавшей с фашистами на территории Латвии. После войны работал в рижской милиции, полковник в отставке.
В августе 1998 года Василий Кононов был арестован по обвинению в убийстве во время войны девяти мирных жителей. В январе 2000 года приговорен к 6 годам заключения за геноцид и преступление против человечности. Верховный суд Латвии, куда Кононов направил кассационную жалобу, признал предъявленные обвинения недостаточно обоснованными и доказанными. В апреле 2000 года он был освобожден из-под стражи. Сразу после этого прокуратура Латвии повторно направила его дело на рассмотрение. В том же году решением Президента РФ Владимира Путина (указ от 12 апреля 2000 года) Василию Кононову было предоставлено российское гражданство и вручен российский паспорт.
Повторное рассмотрение дела началось в мае 2002 года в г.Резекне (Латвия).
3 октября 2003 г. Латгальский окружной суд, рассматривавший дело Василия Кононова, освободил его от ответственности. Статья обвинения была переквалифицирована, а подсудимый освобожден в связи с истечением срока давности. Суд учел доводы защиты, в частности то, что полицаев нельзя квалифицировать как мирных жителей. Бывший партизан был признан виновным не в совершении военных преступлений, а в бандитизме, к тому же со многими оговорками.
13 октября 2003 года генпрокуратура Латвии решила опротестовать оправдательный приговор. По мнению прокуратуры, суд неправильно интерпретировал доказательства, а также необоснованно изменил квалификацию обвинения.
26 апреля 2004 года Верховный суд Латвии приступил к рассмотрению апелляционного протеста прокуратуры по поводу принятого в октябре 2003 года решения Латгальского окружного суда в отношении Василия Кононова.
30 апреля 2004 года Верховный суд Латвии приговорил Василия Кононова к 1 году и 8 месяцам тюрьмы за военные преступления. В тюрьму Кононов не попал, так как ранее по этому же делу провел такой срок за решеткой.
После оглашения вердикта Кононов заявил, что будет и дальше бороться за снятие предъявленных ему обвинений. Он подал апелляцию в вышестоящую инстанцию ‑ Сенат Верховного суда Латвии. Сенат Верховного суда Латвии оставил приговор без изменений.
26 августа 2004 года жалоба Василия Кононова на Латвию была зарегистрирована в Европейском суде по правам человека. Ветеран обвинял руководство Латвии в незаконном вынесении ему приговора.
9 июня 2008 года Европейский суд по правам человека (Страсбургский суд) удовлетворил иск бывшего партизана Василия Кононова к Латвии. Суд постановил, что имело место нарушение статьи 7 конвенции "О защите прав человека и основных свобод", предусматривающей наказание исключительно на основании закона. Кроме того, судьи решили взыскать с латвийских властей 30 тысяч евро в качестве возмещения морального ущерба.
Кононов также требовал от Латвии 687 тысяч евро за моральный ущерб во время судебной процедуры, 3 миллиона евро за "страдания, которые он перенес за время предварительного заключения", 500 тысяч евро за то, что он не смог присутствовать на похоронах сына и двух братьев, поскольку находился в заключении. Кроме того, он просил взыскать с властей 5 тысяч долларов США в качестве компенсации за земельный участок, который он был вынужден продать для возмещения судебных расходов, 30 тысяч долларов компенсации за квартиру, которую он должен был продать на оплату лечения, 7 тысяч евро – сумма, эквивалентная гонорару следователя отдела конституционной защиты, который занимался делом Кононова, 680 тысяч евро – сумма, эквивалентная гонорару прокуроров, занятых решением его дела, миллион евро в качестве возмещения ущерба, нанесенного его чести и репутации, 5 миллионов 187 тысяч евро за "незаконное осуждение", а также 4,2 тысячи евро на возмещение судебных расходов. Эти требования суд отклонил
Правительство Латвии подало апелляцию в Большую палату Европейского суда по правам человека (ЕСПЧ). Аргументация правительства Латвии сформулирована следующим образом: передача настоящего дела на рассмотрение в Большую палату основана на таких вопросах, как превышение границы юрисдикции, предоставляемой Европейскому суду, неправильная интерпретация международного права в приговоре по настоящему делу, а также историческая и юридическая подоплека настоящего дела, имеющая общую важность, принимая во внимание восстановление справедливости для жертв и борьбу с безнаказанностью за международные преступления.
26 января 2009 года ЕСПЧ удовлетворил апелляцию Латвии по делу Василия Кононова. Дело будет повторно рассмотрено в Большой палате ЕСПЧ.