15 ноября 2007 года заместитель министра финансов РФ С. Сторчак был задержан в рамках уголовного дела о попытке хищения бюджетных средств. Уголовное дело в отношении замминистра финансов Сергея Сторчака, а также гендиректора ЗАО "Содэксим" Виктора Захарова и главы совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадима Волкова возбуждено по признакам преступления, предусмотренного ч.1 ст.30, ч.4 ст.159 УК РФ (приготовление к преступлению, сговор на совершение преступления, мошенничество, совершенное организованной группой в особо крупном размере). По этим статьям грозит наказание в виде лишения свободы сроком от пяти до десяти лет.
Следственный комитет подозревает Сторчака, Захарова и Волкова в создании организованной группы с целью хищения денежных средств из федерального бюджета под предлогом покрытия затрат, понесенных ЗАО "Содэксим". Речь идет о сумме 43 400 000 долларов США.
Как заявил руководитель Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ Дмитрий Довгий, в квартире Сторчака были изъяты крупные суммы денег, эквивалентные одному миллиону долларов. Довгий также утверждал, что изъятые у Сторчака документы доказывают обвинения в адрес чиновника. Адвокат Сторчака Игорь Пастухов подтвердил изъятие крупной суммы денег, но сказал, что эти деньги семья замминистра собирала для покупки дачи под Москвой.
3 декабря Следственный комитет при прокуратуре РФ официально подтвердил, что в отношении Сторчака возбуждено еще одно уголовное дело по признакам преступления, предусмотренного ч. 1 ст. 286 УК РФ. Это связано с превышением должностных полномочий руководителем российской делегации Сторчаком С. А. в ходе российско кувейтских переговоров по урегулированию задолженности бывшего СССР перед государством Кувейт, состоявшихся 27-28 января 2005 года в Москве. Оба уголовных дела объединены в одно производство.
5 декабря Генпрокуратура сообщила, что постановление о возбуждении второго уголовного дела отменено как необоснованное. "Постановление (о возбуждении дела) признано необоснованным ввиду отсутствия достаточных данных, подтверждающих наличие признаков преступления в действиях указанных лиц. Все материалы возвращены в Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации для организации дополнительной проверки", - разъяснила Генпрокуратура.
Следственный комитет назвал решение Генпрокуратуры по второму делу Сторчака незаконным и пообещал оспорить его в суде. Нарушение закона СК усмотрел в том, что, по его утверждению, заместитель генпрокурора Виктор Гринь подписал постановление об отмене постановления о возбуждении нового дела против замминистра финансов задним числом.