Уголовные дела в отношении Бориса Березовского возбуждались неоднократно.
18 января 1999 г. Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело о злоупотреблениях в бывшем руководстве компании "Аэрофлот". По данным следствия, с 1996 по 1999 г. через швейцарские фирмы "Андава" и "Форус" прошло более $900 млн. компании. Из этой суммы десятки миллионов долларов были, как предполагает следствие, выведены из оборота "Аэрофлота". Первоначально обвинение в "незаконном предпринимательстве и отмывании незаконно нажитых средств" были предъявлены Б. Березовскому и двум заместителям гендиректора "Аэрофлота" Николаю Глушкову и Александру Красненкеру. Следователи посчитали, что олигарх имел самое непосредственное отношение к денежным махинациям. По некоторым данным, фирмы были созданы при непосредственном участии опального олигарха. С Березовского была взята подписка о невыезде. Однако Березовский доказал, что к финансовой деятельности авиакомпании и ее дочерних предприятий отношения не имел. Подписка о невыезде была аннулирована, обвинение снято.
6 апреля 1999 года Генеральная прокуратура РФ дала санкцию на арест Бориса Березовского. Ему заочно предъявлено обвинение по статьям 171 и 174 УК РФ "незаконное предпринимательство" и "легализация (отмывание) денежных средств, приобретенных незаконным путем". 6 апреля 1999 года Генпрокуратура (ГП) РФ объявила Бориса Березовского в розыск и выдала санкцию на его арест в качестве обвиняемого по делу "Аэрофлота". 14 апреля 1999 года заместитель Генерального прокурора РФ Михаил Катышев отменил ранее принятое решение об аресте Б. Березовского, при этом прокурор сослался на то, что бывший исполнительный секретарь СНГ по телевидению заявил о своем твердом намерении вернуться в Москву и подчиниться закону. 5 ноября 1999 года Генеральная прокуратура сняла с Березовского обвинения в незаконном предпринимательстве и отмывании денег, с него также была снята и подписка о невыезде. Он стал проходить по так называемому "делу Аэрофлота" в качестве свидетеля.
1 ноября 2000 года замгенпрокурора Василий Колмогоров сообщил, что Борис Березовский должен 15 ноября явиться на допрос, в ходе которого ему может быть предъявлено обвинение в хищении госсредств в рамках дела "Аэрофлота". Господин Березовский на допрос не явился и объявил, что принял решение не возвращаться в Россию из Европы, где в то время находился. 15 ноября 2000 года он был вновь вызван на допрос в Генпрокуратуру в связи новыми открывшимися обвинениями в хищении чужого имущества в крупных размерах. На допрос Березовский не явился, а накануне, 14 ноября 2000 года, сделал заявление для печати /опубликовано в газете "Коммерсант-daily" за 15 ноября/, в котором коммерсант сообщил, что принял тяжелое для себя решение - не возвращаться на допрос в Россию.
В августе 2001 года из дела "Аэрофлота" выделено в отдельное производство дело швейцарской компании Forus Holding. Следствию стало известно, что в 1995-1996 годах компания "Форус" была официальным агентом авиакомпании "Аэрофлот", и на счета швейцарской фирмы поступали перечисляемые иностранными авиакомпаниями средства за беспосадочные полеты самолетов в воздушном пространстве России. Следователи подозревают, что именно Б. Березовский контролировал швейцарскую фирму и имел доступ к ее средствам, которые расходовались не по назначению.
20 сентября 2001 года его Генпрокуратура РФ заочно предъявила обвинение Б. Березовскому по трем пунктам: пособничество в мошенничестве, невозвращение из-за границы валютной выручки и отмывание денег. Был объявлен в федеральный розыск.
В июле 2002 года прокуратура Марселя (Франция) начала собственное расследование дела о хищении средств российской авиакомпании "Аэрофлот". Следствие ведется вокруг финансовых операций, связавших инвестиционную компанию "Франс иммёбл" и компании "Оваго" и "Форус холдинг". Последние две фирмы, как считают французские следователи, находились под контролем Березовского. Действия французской прокуратуры вызваны тем, что в период с 1997 по 2001 г. через счета "Франс иммёбл" и "Форус холдинг" прошло порядка 65 млн долл., а затем их след был обнаружен на Лазурном берегу: в 1997 г. Березовский стал владельцем замка де ля Гаруп, который считается одним из самых роскошных шато в этом регионе.
августа 2002 г. Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту хищения 2323 машин при проведении ЛогоВАЗом в 1994-1995 годах зачетной сделки с АвтоВАЗом и администрацией Самарской области. Против Бориса Березовского и его компаньонов Бадри Патаркацишвили и Юлия Дубова Генпрокуратура возбудила уголовное дело по ст. 147-3 УК РФ - мошенничество при отягчающих обстоятельствах. Генпрокуратура России обвиняет Бориса Березовского, Юлия Дубова, а также их компаньона Бадри Патаркацишвили "в хищениях в особо крупных размерах путем мошенничества", совершенных ими в 1994-1995 годах. Следствием было установлено, что в мае 1995 г. АО "АвтоВАЗ" передало областной администрации в счет уплаты местных налогов 2323 своих товарных облигаций на сумму 60 млрд. неденоминированных руб. Ценные бумаги в свою очередь выкупило у Самары АОЗТ "ЛогоВаз", передав в счет оплаты 6% собственных акций. После чего облигации были возвращены на завод в обмен на 2323 автомобиля /Березовский в тот период занимал должность председателя Совета директоров "ЛогоВАЗа", а Дубов - гендиректора/. На средства, полученные от сбыта машин, были приобретены коттеджи в московском регионе на общую сумму более 7 млрд. руб. Однако самая значительная "статья расходов" - покупка акций СМИ: ОРТ, ТВ-6, "Огонька".
15 октября 2002 года Борису Березовскому, как бывшему руководителю ЛогоВАЗа, предъявлено заочное обвинение в хищении в особо крупных размерах путем мошенничества. Он был объявлен в международный розыск.
30 октября 2002 года Басманный районный суд Москвы вынес постановление об аресте Березовского в рамках расследуемого Генеральной прокуратурой уголовного дела /такая же мера пресечения избрана для Патаркацишвили и Дубова/. По каналам Интерпола в Англию был направлен запрос об экстрадиции Березовского и Дубова (Бадри Патаркацишвили находится в Грузии).
5 ноября 2002 г. Генпрокуратура РФ отправила в Англию официальный запрос о выдаче Березовского российским властям.
24 марта 2003 г. Б. Березовский и его деловой партнер Юлий Дубов были арестованы британской полицией по запросу российских властей. У задержанных были конфискованы документы, после чего они были выпущены под денежный залог в 100 тыс. английских фунтов за каждого и подписку о невыезде.
2 апреля в лондонском магистратском суде на Боу-стрит началась судебная процедура по делу об экстрадиции Березовского и Дубова из Великобритании в Россию. Первое заседание началось с традиционной процедуры подтверждения имен, затем адвокаты обвиняемых заявили о политической подоплеке этого дела. Сенсацией заседания стала новость о том, что МВД Великобритании отказало Б. Березовскому в предоставлении политического убежища в этой стране. В качестве причины отказа приводился тот факт, что Генпрокуратура требует его экстрадиции.
10 сентября 2003 года министр внутренних дел Великобритании Дэвид Бланкетт подписал распоряжение о предоставлении Борису Березовскому политического убежища (прошение о предоставлении политического убежища в Великобритании Борис Березовский подал еще в 2002 году). 11 сентября 2003 года в Королевскую прокуратуру Великобритании, представляющую интересы Генпрокуратуры РФ, поступило письмо МВД Великобритании с официальной просьбой отозвать запрос об экстрадиции господина Березовского. МВД Великобритании официально уведомило магистратский суд Лондона о предоставлении Березовскому статуса политического беженца. 12 сентября 2003 года Магистратский судья Лондона Тимоти Уоркман официально отклонил запрос Генпрокуратуры РФ об экстрадиции Бориса Березовского. Судебная процедура в отношении Березовского была отменена.
Тем не менее российская сторона продолжала добиваться экстрадиции Березовского, несмотря на получение им политического убежища в Великобритании.
17 сентября 2004 года прокуратура Московской области заочно обвинила господина Березовского в хищении госдачи №2 в подмосковном комплексе "Жуковка" управделами президента, проданной в октябре 1999 года АвтоВАЗу и позже переоформленной на имя дочери бизнесмена Екатерины. 21 сентября Мещанский райсуд выдал постановление об аресте бизнесмена, а 22 сентября Борис Березовский вновь объявлен в международный розыск. Запросы об экстрадиции Бориса Березовского направлялись ГП в феврале и сентябре 2005 года в Латвию, куда тот прибывал с визитами, оба раза получен отказ.
24 января 2006 года Б. Березовский в интервью Агентству Франс Пресс и радиостанции "Эхо Москвы" заявил буквально следующее: "Сегодня любые насильственные действия со стороны оппозиции в России будут оправданны. Это относится и к силовому захвату власти. Именно над этим я сейчас работаю".
16 февраля 2006 года Генеральная прокуратура РФ возбудила против Б. Березовского очередное уголовное дело по ст. 278 УК РФ . Ему инкриминируется совершение особо тяжкого преступления - "действия, направленные на насильственный захват власти", которое предусматривает наказание в виде лишения свободы от 12 до 20 лет. Исходя из этого, суд заочно выдал санкцию на арест Березовского. Дело для расследования передано в ФСБ России
28 февраля 2006 года министр иностранных дел Великобритании Джек Стро в своем письменном заявлении предупредил Бориса Березовского, что его статус беженца в связи с последними высказываниями может быть пересмотрен. В письме глава внешнеполитического ведомства Великобритании заявил, что "насильственное свержение правительства суверенного государства недопустимо", поэтому Великобритания "не потерпит у себя тех, кто использует Соединенное Королевство в качестве плацдарма для разжигания сопровождающихся насилием беспорядков и терроризма в других странах".
1 марта 2006 года в Министерство внутренних дел Соединенного Королевства Великобритании и Северной Ирландии отправлены документы на экстрадицию Бориса Березовского. 1 июня Магистратский суд Лондона отказал в удовлетворении запроса Генпрокуратуры РФ об экстрадиции.
13 апреля 2007 года Генпрокуратура выделила в отдельное производство уголовное дело в отношении Бориса Березовского в части хищения им 50 млн долларов акционерного общества «Аэрофлот» и их частичного последующего отмывания». Если раньше Березовский по делу проходил как пособник, то сейчас как исполнитель.
8 июня дело передано в Савеловский суд Москвы. После передачи дела в суд было принято решение рассматривать его в отсутствие обвиняемого. Рассмотрение дела началось 12 июля.
29 ноября Савеловский суд Москвы заочно приговорил Бориса Березовского к шести годам лишения свободы по делу о хищении более 214 миллионов рублей "Аэрофлота". Березовский признан виновным в мошенничестве (часть 3 статьи 159 УК РФ). Суд исключил из обвинения пункт о легализации похищенных у "Аэрофлота" средств на сумму более 16 миллионов рублей (часть 3 статьи 174 УК РФ). Суд также удовлетворил иск "Аэрофлота" о взыскании с Березовского и еще троих ранее осужденных фигурантов дела похищенные у компании деньги.
Cрок исчисления наказания будет считаться Березовскому с момента фактического задержания. Согласно приговору, Березовский должен отбывать наказание в колонии общего режима.
13 апреля 2007 года Генеральная прокуратура возбудила в отношении Б. Березовского очередное уголовное дело по статье 278 УК РФ ("насильственный захват власти") в связи с его заявлением о финансировании переворота в России, опубликованном в британской газете "Гардиан". По данной статье Березовскому грозит лишение свободы от 12 до 20 лет.
