До 1791 г., когда митрополит Платон освятил храм во имя мученицы Татианы, Московский университет не имел собственного храма.
В 1792 году Екатерина II прислала к заутрени Светлого Христова Воскресения полную ризницу и богатые уборы. По образному выражению С.П. Шевырева, этим даром "Государыня как бы христосовалась с Университетом".
В 1812 году, во время неприятельского нашествия, здания университета сгорели, а с ними вместе сгорела и Татианинская церковь.
В 1817 году, после Высочайшего повеления о восстановлении университетских зданий, попечитель университета князь А.П. Оболенский докладывал преосвященному Августину, управляющему Московской Епархией, что для университета возобновить прежнюю церковь во имя мученицы Татианы представляется неудобным, и потому просил: "Георгиевскую церковь, примыкающую к самому университету, сделать университетской со всей принадлежащей к ней утварью, ризницей и землей, и поставить в церкви местный образ мученицы Татианы для всегдашнего воспоминания дня, в который основан Императорский Московский университет".
Эта просьба кн. Оболенского была уважена преосвященным Августином, и резолюцией его от 18 сентября 1817 года означенная Георгиевская церковь сделана университетской.
Такое положение дел продолжалось до приобретения Московским университетом дома гг. Пашковых и до приспособления его к университетским нуждам, когда в 1836 году отношением от 15 декабря попечитель Московского университета граф С.Г. Строганов уведомил Высокопреосвященнейшего Филарета, что с Высочайшего соизволения в зданиях университета устраивается собственная Церковь во имя св. мученицы Татианы.
Этот храм и был освящен самим святым митрополитом Филаретом 12 сентября 1837 года. "Итак, вот дом молитвы под одним кровом с домом любомудрия. Святилище таин приглашено в жилище знаний, и вступило сюда, и здесь основалось и утвердилось своими тайнодейственными способами. Видно, что религия и наука хотят жить вместе и совокупно действовать к облагорожению человечества. Снисходительно, со стороны религии: возблагодарим ее снисхождению. Благоразумно, со стороны науки: похвалим ее благоразумие", - сказал митрополит Филарет в проповеди на освящении храма.
В 1918 году храм был закрыт, а в 1922 году превращен в клуб. 6 мая 1958 года здесь состоялось открытие Студенческого театра МГУ, который просуществовал до 1994 года.
В наше время храм был возрожден при ближайшем участии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия, тщанием ректора Виктора Антоновича Садовничего в 1995 году.