В соответствии со статьей 2 соглашения, "казахстанская сторона обеспечивает свободный безвозмездный транзит через свою территорию межгосударственных воинских перевозок России в интересах обеспечения охраны внешних границ государств СНГ без взимания таможенных пошлин, транзитных и других сборов, установленных в отношении транзита". По данным правительства Казахстана, в 2003 году на реализацию соглашения из республиканского бюджета израсходовано 361,3 миллионов тенге ($2,67 миллионов) из них 308,3 миллионов ($2,28 миллионов) - в счет выполнения обязательств прошлых лет.
"Дальнейшая реализация соглашения наносит ущерб экономическим интересам Казахстана. Продление действия данного соглашения на очередной пятилетний срок признано экономически нецелесообразным", говорится в пояснительной записке правительства Казахстана, направленной в парламент республики.
Как пояснила вице-министр финансов Казахстана Наталья Коржова, выступившая с докладом по этому вопросу на пленарном заседании мажилиса в среду, "на момент заключения соглашения железнодорожный транспорт находился в государственной собственности, а в настоящее время республиканское государственное предприятие "Казахстантемиржолы" ("Железные дороги Казахстана") преобразовано в акционерное общество". "Бюджет Казахстана ежегодно компенсировал нашей железной дороге те затраты, которые нанесла российская сторона", отметила Коржова.
В марте 2004 года Казахстан направил ноту, которой уведомил РФ о намерении прекратить действие соглашения с 1 января 2005 года. "Это означает, что в случае денонсации этого соглашения перевозки, как осуществлялись, так и будут осуществляться, в установленном порядке, потому между Казахстаном и Россией действует другое соглашение, в соответствии с которым российский бюджет будет оплачивать за те перевозки, которые осуществляет Российская Федерация по нашей территории", пояснила Коржова.
Законопроект о денонсации межправительственного казахстано-российского соглашения направлен на рассмотрение в сенат (верхняя палата парламента Казахстана).
