17 октября 1994 года в руках 27-летнего журналиста взорвалась мина-ловушка, которая была помещена в портфель-дипломат. При взрыве также пострадали трое сотрудников редакции.
С 1998 по 1999 год по подозрению в организации и осуществлении убийства Холодова были задержаны пятеро бывших и действующих военнослужащих Воздушно-десантных войск - полковник в отставке Павел Поповских, командир отряда спецназа майор Владимир Морозов, бывший десантник Константин Барковский, офицер ВДВ Александр Сорока, бывший командир отряда спецназа Константин Мирзоянц, а также замгендиректора частного охранного предприятия "Росс" Александр Капунцов.
Им было предъявлено обвинение в убийстве Холодова, а также в совершении ряда других преступлений. Как утверждает сторона обвинения, в 1993 году в "МК" появились негативные материалы о деятельности Минобороны, на которые бывший тогда министром обороны Павел Грачев крайне болезненно реагировал. По личному указанию Грачева, Холодова перестали пускать на пресс-конференции министерства. Грачев поставил перед Поповских задачу прекратить эти публикации и установить их источник.
В мае 1994 года Поповских пытался взять под контроль деятельность Холодова, "а в августе 1994 года поручил Морозову организовать сбор информации о Холодове путем установления наружного наблюдения". Затем он принял решение о ликвидации Холодова, утверждает следствие.
Судебный процесс по делу Холодова начался 9 ноября 2000 года. 26 июня 2002 года Московский окружной военный суд (МОВС) оправдал подсудимых, однако приговор был отменен 27 мая 2003 года Военной коллегией Верховного суда по протесту Генпрокуратуры и жалобе потерпевших - родителей и коллег Дмитрия Холодова. Дело было направлено в суд на новое рассмотрение.
10 июня МОВС вновь оправдал всех шестерых подсудимых. "Обвинения прокуратуры голословны и не нашли своего подтверждения в суде", - говорится в приговоре. Суд также вынес частное определение, касающееся прокуратуры: он установил, что при проведении следствия сотрудники прокуратуры допустили ряд нарушений.
Кроме того, суд принял решение направить уголовное дело об убийстве Холодова в Генпрокуратуру для дополнительного расследования и установления лиц, причастных к убийству. Однако, как пояснила гособвинитель по этому делу Ирина Алешина, этот пункт начнет действовать только в том момент, когда приговор вступит в законную силу. Поскольку прокуратура опротестовала приговор, новое расследование убийства Холодова не началось.
11 июня текущего года Генпрокуратура направила кассационную жалобу на приговор по делу Холодова в Военную коллегию Верховного суда РФ. Как сообщили РИА "Новости" в канцелярии Верховного суда, дата судебных слушаний по данному делу пока не назначена.