Пичугин обвиняется в совершении ряда преступлений, в том числе в организации убийства, покушении на убийство и в угрозе убийством. По данным Генпрокуратуры, по этому же делу в качестве соучастника проходит Алексей Пешкун. Оба обвиняемых содержатся под стражей.
Пичугин был задержан 19 июля 2003 года. Генпрокуратура РФ обвиняет его в организации покушения на убийство бывшего начальника управления Общественных связей мэрии Москвы, экс-советника бывшего главы "ЮКОСа" Михаила Ходорковского Ольги Костиной в ноябре 1998 года, в организации убийства двух жителей Тамбова - Ольги и Сергея Гориных - в 2002 году, а также в покушении на убийство бывшего сотрудника компании "МЕНАТЕП" Сергея Колесова в 1998 году.
Пичугин находится под стражей в следственном изоляторе "Лефортово".