Попов Андрей Анатольевич родился 28 июня 1963 года в г. Рудном Кустанайской области. Окончил Институт стали и сплавов в 1986 году.
Трудовую деятельность начал в 1980 году электрослесарем Соколовско-Сарбайского горно-обогатительного комбината.
В 1986 - 1989 годах работал инженером НИИ "Тулачермет".
В 1989 - 1993 годах - инженер-экономист ремонтно-механического завода Соколовско-Сарбайского комбината, главный экономист малого предприятия "Композит" в г. Волгограде.
С 1993 по 1995 год - депутат Государственной Думы первого созыва. Был членом фракции АПР, членом комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам.
До февраля 2000 года - помощник руководителя администрации президента РФ.
С 1 февраля 2000 года - начальник Управления администрации президента РФ по вопросам внутренней политики (Указ и.о. президента РФ Владимира Путина от 1 февраля 2000 года).
С 3 июня 2000 года - начальник Главного управления внутренней политики президента РФ (назначен Указом президента РФ).
С февраля 2001 по апрель 2004 года - начальник Главного территориального управления администрации президента РФ.
5 апреля 2004 года Указом президента РФ В.Путина назначен начальником Управления президента РФ по внутренней политике.