В ночь на 26 мая неизвестные совершили нападение на милицейский блок-пост в городе Ханабад (Андижанская область Узбекистана). Днем 26 мая Генпрокуратура Узбекистана подтвердила, что нападение имело место. В связи с происшедшим Киргизия закрыла участок границы с Узбекистаном.
Крупные теракты и антиправительственные выступления происходили в Узбекистане с 1999 года около десяти раз.
Так, 16 февраля 1999 года в столице Узбекистана Ташкенте был проведен ряд террористических актов. В этот день незадолго до начала заседания правительства Узбекистана, посвященного итогам экономического развития республики за минувший год, на главной площади Ташкента ‑ перед зданием правительства ‑ завязалась перестрелка между сотрудниками охраны президента и боевиками. Вскоре после начала боя один за другим были взорваны два легковых автомобиля, начиненные взрывчаткой и расположенные неподалеку от здания кабинета министров. Затем с небольшим интервалом были взорваны, по крайней мере, еще два автомобиля: один ‑ в районе Национального банка внешнеэкономической деятельности и гостиницы "Интерконтиненталь", другой ‑ недалеко от гостиницы "Россия". В результате погибли шестнадцать человек и еще почти сто пятьдесят человек были госпитализированы с травмами различной степени тяжести. Президент Ислам Каримов не пострадал, но многие члены правительства Узбекистана получили ранения различной степени тяжести.
В тот же день вечером в своем выступлении по национальному телевидению Каримов назвал теракт попыткой покушения на его жизнь и обвинил в произошедшем представителей экстремистских течений ислама.
6 августа 1999 года в районе села Зардалы Баткенского района Киргизии группа боевиков лидера вооруженной узбекской оппозиции Джумы Намангони, численностью около двадцати человек, захватила заложников и потребовала беспрепятственного пропуска их группы по территории Киргизии в Узбекистан. 13 августа 1999 года заложников отпустили. Через два дня звено фронтовых бомбардировщиков СУ‑24 военно‑воздушных сил Узбекистана попыталось уничтожить боевиков, а киргизские войска провели против них войсковую операцию.
Боевики сумели захватить еще несколько сел и закрепиться на территории Баткенского района. Власти Узбекистана назвали отряды Намангони международными террористами, связав события в Киргизии с нападением боевиков на Дагестан в России. Лишь к ноябрю 1999 года объединенная группировка войск Киргизии смогла выбить боевиков с территории республики обратно в Таджикистан.
29 марта 2004 года в Узбекистане было совершено несколько взрывов ‑ в столице страны Ташкенте и Бухаре. Первый взрыв прогремел в 8:00 мск у входа в магазин "Детский мир" близ рынка Чорсу (г.Ташкент), в результате погибли 2 милиционера, еще один был убит в перестрелке с предполагаемым пособником террористов. Более 20 человек получили ранения. Взрыв осуществила террористка‑смертница.
Позже стало известно, что одновременно с взрывом в столице Узбекистана два террористических акта были совершены в Бухаре. Один из терактов осуществлен в жилом доме. Жертвами этого взрыва стали несколько террористов: взрывное устройство сработало до того, как боевики успели заложить его. Погибло до пяти террористов, двое были задержаны. Всего в результате этих взрывов погибли 19 человек и 26 ранены, один подозреваемый в причастности к терактам арестован.
Взрывам в Ташкенте предшествовал ряд нападений, совершенных На патрульные посты милиции и сотрудников МВД.
30 марта 2004 года у поста ГАИ в Кибрайском районе Ташкентской области было приведено в действие взрывное устройство. Сразу после взрыва неизвестные открыли огонь по сотрудникам милиции. Перестрелка продолжалась около 10 минут. Несколько человек получили ранения.
В этот же день восемь человек, причастных к нападению на пост ГАИ в Кибрайском районе Ташкентской области были уничтожены. Согласно первоначальным данным следствия, по меньшей мере трое из них также принимали участие в нападениях на милиционеров в понедельник или связаны с нападавшими. Отмечается, что рядом с телами убитых было найдено тебельное оружие сотрудников МВД республики.
31 марта 2004 года взрыв прогремел в Ташкенте в ходе операции по задержанию террориста. Террорист взорвал самодельное взрывное устройство на улице Сагван в тот момент, когда его преследовали милиционеры. После взрыва преступник укрылся в частном доме. Перед тем, как укрыться в доме, преступник установил у ворот дома взрывное устройство, которое сработало, когда к нему приблизились милиционеры. В результате взрыва никто не погиб, однако двое сотрудников милиции получили ранения. Террорист захватил в заложники трех человек ‑ хозяев дома. В результате операции по освобождению заложников преступник покончил с собой, заложники не пострадали.
1 апреля 2004 года в Ромитанском районе Бухарской области Узбекистана террористка‑смертница привела в действие взрывное устройство. Взрыв произвела вдова террориста, осуществившего теракт в Ташкенте. В результате взрыва погибла 10‑летняя девочка ‑ дочь самоубийцы, сама террористка с тяжелым ранением доставлена в больницу.
В результате серии терактов 28 марта ‑ 1 апреля погибли 28 человек, в том числе сотрудники милиции. В перестрелке были уничтожены 16 террористов, 15 боевиков подорвали себя на самодельных взрывных устройствах. Получили ранения около 50 человек.
9 апреля 2004 года на брифинге в Ташкенте генпрокурор республики Рашитжон Кадыров заявил, что нейтрализована основная часть террористов, причастных к взрывам в стране. Следствием установлено, сообщил генпрокурор, что в период с 2000 года в Ташкенте, Бухарской и Ташкентской областях действовали несколько групп так называемых "Джамаатов". По словам Кадырова, члены групп постоянно подвергались идеологической обработке при помощи аудио‑, видеопродукции и литературы, призывающих к насильственному свержению конституционного строя, созданию исламского государства с перспективой образования единого "Халифата". Имеются показания арестованных, что их обучение и подготовка в диверсионных лагерях проводилась арабскими инструкторами, готовившими боевиков "Аль‑Каиды" в Пакистане.
По данным директора исполкома Регионального антитеррористического центра Шанхайской организации сотрудничества Вячеслава Касымова, финансирование терактов производилось извне силами желающими дестабилизировать обстановку в Центральной Азии.
30 июля 2004 года произошла еще одна серия взрывов в Ташкенте. Взрывные устройства сработали у зданий посольств Америки и Израиля а также у здания Генпрокуры республики. Теракты совершены террористами‑смертниками. Погибли трое, ранены восемь человек. Погибшие ‑ граждане Узбекистана. Ответственность за теракты взяла на себя неизвестная ранее антиправительственная подпольная группировка "Исламское движение Узбекистана".
12-13 мая 2005 года в Андижане (Узбекистан) была предпринята попытка исламистского мятежа, подавленная правительством. Вооруженные автоматическим оружием люди на 15 машинах подъехали к зданию тюрьмы города Андижан на востоке Узбекистана, расстреляли нескольких охранников, после чего выпустили около двух тысяч заключенных. Затем мятежники попытались захватить воинскую часть и здание областного управления СНБ, но эти попытки были отбиты. Ночью было захвачено здание областной администрации. По мнению следствия, для осуществления террористической вылазки были задействованы международные террористические организации так называемые "Исламское движение Туркестана" (в прошлом "Исламское движение Узбекистана"), "Хизб-ут Тахрир" и одно из его ответвлений – "Акрамийлар". 13 мая днем узбекская армия провела силовую акцию против собранного участниками набега на тюрьму митинга. К вечеру 13 мая правоохранительные органы Узбекистана завершили штурм и полностью освободили здание городской администрации Андижана.
По официальным данным, жертвами массовых беспорядков в Андижане стали 187 человек, в том числе 60 мирных граждан и 31 сотрудник правоохранительных органов. В ходе антитеррористических мероприятий, проводившихся после мятежа, ликвидированы 94 террориста, 76 получили ранения.
Запад выступил с резкой критикой действий Ташкента, посчитав применение силы "несоразмерным". По требованию Ташкента с территории Узбекистана была выведена военная авиабаза США. Отношения между Узбекистаном и странами Запада резко обострились.
В мае 2005 года Евросоюз ввел санкции в отношении руководства Узбекистана. ЕС потребовал международного расследования событий в Андижане, узбекские власти отказались. В ответ на это были введены санкции в форме визовых ограничений высокопоставленным должностным лицам Узбекистана и эмбарго на поставки оружия.
Санкции ЕС были отменены в октябре 2008 года, за исключением эмбарго на поставки оружия.
Позднее президент Каримов виновниками трагедии, произошедшей в Андижане, назвал местные власти, чьей близорукой позицией, по словам главы государства, воспользовались "экстремисты из подпольной секты "Акрамийлар", их зарубежные спонсоры и покровители".
Материал подготовден на основе информации РИА Новости и октрытых источников