Фетхуллах Гюлен родился 27 апреля 1941 года в селе Коруджук, Хасанкалинского района Эрзурумской области Турции. В 1946 году поступил в школу, в 1949 году семья Гюлена переехала в селение Алвар, где его отец стал имамом.
В 1951 году стал хафизом — профессиональным чтецом Корана.
В 1959 году переехал в город Эдирне. Был назначен вторым имамом мечети Учшерефли Джами.
В ноябре 1961 года начал военную службу в в поселке Мамак в Анкаре.
В июле 1964 года вернулся в Эдирне, приступил к обязанностям учителя Корана и стал имамом при мечети Дарульхадис.
В июле 1965 года был назначен проповедником в городе Кыркларели. В марте 1966 года переведен из Кыркларели в Измир, где назначен богословом-проповедником.
В феврале 1968 года был отправлен в качестве должностного лица Духовного управления Турции в хадж.
В июне 1974 года был назначен проповедником города Манисы. В сентябре 1976 года переведен на службу в Борнову.
В августе 1977 года прочитал первую проповедь в Стамбуле. В сентябре 1977 года прочитал вторую проповедь в мечети Султанахмет в Стамбуле.
12 сентября 1980 года, после военного переворота в Турции, ушел в отпуск.
В ноябре 1980 года был назначен проповедником в Чанаккале, однако по состоянию здоровья не смог приступить к своим обязанностям.
В марте 1981 года подал в отставку с должности проповедника.
В январе 1986 года был задержан в Бурдуре, после допросов был освобожден.
В апреле 1986 года прочитал проповедь в мечети Буюк Чамлыджа в Стамбуле.
В июне 1986 года совершил хадж. Во время его паломничества на него был наложен запрет на выезд из Турции. Гюлен вернулся в страну и сдался властям, был признан невиновным и освобожден.
В июне 1994 года принял участие в открытии Фонда журналистов и писателей, был назначен его почетным президентом.
21 марта 1999 года Фетхуллах Гюлен выехал в США на лечение и с тех пор не возвращался в Турцию.
В январе 2004 года перенес операцию на сердце.
Фетхуллах Гюлен — автор более 60 книг, которые посвящены проблемам духовности, морали, этики, экономики. Автор более 600 статей, выступал с проповедями и лекциями. Его книги были переведены на английский, немецкий, французский, русский и другие языки. В апреле 2001 года награжден Союзом писателей Турции за большие заслуги в сфере просвещения и культуры.
Президент Турции Тайип Эрдоган неоднократно обвинял Гюлена в создании неофициальной организации "параллельная структура" с целью свержения турецкого правительства. Официальная Анкара называет деятельность сторонников Гюлена "параллельным государством". По мнению президента Турции Тайипа Эрдогана, Гюлен стремится свергнуть турецкое правительство. Деятельностью Гюлена и его сторонников президент Турции объясняет протесты 2013 года, прослушивание телефонов турецкого руководства и громкую антикоррупционную кампанию в декабре 2013 года.
19 декабря 2014 года суд Стамбула по запросу прокуратуры постановил выдать ордер на арест Фетхуллаха Гюлена, обвиняемого в создании и управлении террористической организацией.
24 февраля 2015 года суд Стамбула выдал повторный ордер на арест Фетхуллаха Гюлена.
15 июля 2016 года в Турции произошла попытка госпереворота.
