Должность президента в Киргизии была введена на основании закона, принятого 24 октября 1990 года Верховным Советом республики, тогда еще входившей в состав СССР.
Первым президентом Киргизии 27 октября 1990 года был избран Аскар Акаевич Акаев. Он родился 10 ноября 1944 года в селе Кызыл-Байрак Кеминского района Киргизии. В 1968 году окончил Ленинградский институт точной механики и оптики (ныне Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики) и в 1971 году аспирантуру того же института. В 1972-1988 годах работал на различных должностях в Политехническом институте во Фрунзе (ныне Бишкек). С 1987 года был вице-президентом Академии наук Киргизии, с 1989 года занимал пост президента республиканской Академии наук.
Аскар Акаев был президентом Киргизии до марта 2005 года, когда в стране произошел государственный переворот, названный "тюльпановой революцией", приведший к его свержению. Акаев был вынужден покинуть страну и переехал в Россию. С 2005 года работает в Институте математических исследований сложных систем МГУ имени М.В. Ломоносова. С 2014 года — в Национальном исследовательском университете "Высшая школа экономики" (НИУ ВШЭ), в Научно-учебной лаборатории мониторинга рисков социально-политической дестабилизации.
В 2005 году на волне "тюльпановой революции" к власти пришел Курманбек Салиевич Бакиев. Он родился 1 августа 1949 года в селе Масадан Ошской области Киргизии. В 1978 году окончил Куйбышевский политехнический институт (ныне Самарский государственный технический университет). Работал на заводах рабочим, главным инженером, директором. С 1990 года — первый секретарь Кок-Жангакского горкома партии, с 1991 года — заместитель председателя Джалал-Абадского облсовета народных депутатов. С 1992 года — глава госадминистрации Тогуз-Тороузского района, в 1994-1995 годах — заместитель председателя Фонда госимущества Киргизии, с 1995 года — заместитель губернатора, с 1996 года — губернатор Джалал-Абадской области, в 1997-2000 годах — глава администрации, губернатор Чуйской области республики. В 2000-2002 годах был премьер-министром Киргизии. В 2002-2005 годах являлся депутатом парламента республики. Осенью 2004 года создал и возглавил оппозиционное "Народное движение Кыргызстана". С середины марта 2005 года — руководитель оппозиционного Координационного совета народного единства. После свержения Аскара Акаева с 25 марта 2005 года — глава правительства и временный президент, с 10 июля 2005 года, после победы на выборах, президент республики.
7 апреля 2010 года в Киргизии произошла новая революция. Обвиненный в создании коррупционно-кланового режима, Бакиев бежал в Белоруссию, где позже получил гражданство. В Киргизии он заочно приговорен судом к 30 годам лишения свободы за организацию массового убийства участников митинга на центральной площади Бишкека в апреле 2010 года, когда 77 человек были убиты и свыше 300 получили ранения.
Белорусские власти отказали в его экстрадиции.
После революции 2010 года к власти в Киргизии пришло временное правительство, которое возглавила Роза Исаковна Отунбаева. Она родилась 23 августа 1950 года в городе Фрунзе (ныне Бишкек). В 1972 году окончила философский факультет Московского государственного университета. После защиты кандидатской диссертации работала преподавателем, заведующей кафедрой в Киргизском государственном университете (1975-1981). В 1981 году перешла на партийную работу. Отунбаева трижды занимала пост министра иностранных дел Киргизии (1986-1989, 1992, 1994-1997), в 1989-1991 годах работала в министерстве иностранных дел СССР, представляла Советский Союз в ЮНЕСКО (1989-1991). В 1992-1994 годах была послом Киргизии в США и Канаде, в 1997-2002 годах — послом в Великобритании. В 2002-2004 годах была заместителем представителя главы ООН по урегулированию грузино-абхазского конфликта. В 2004 году стала лидером киргизского оппозиционного движения "Ата-Журт" ("Отечество"). В 2005 году, после свержения президента Акаева, Отунбаева была исполняющим обязанности министра иностранных дел республики. С 2008 года — депутат парламента, лидер фракции оппозиционной Социал-демократической партии Киргизии.
19 мая 2010 года временное правительство Киргизии назначило главу временного кабинета Отунбаеву на должность президента переходного периода до 31 декабря 2011 года.
После сложения полномочий с января 2012 года Роза Отунбаева руководит международным общественным фондом "Инициатива Розы Отунбаевой", целью которого является инициирование программ и проектов экономического, политического, социального развития Киргизии. В сентябре 2017 года она вошла в состав комиссии советников высокого уровня по посредничеству, учрежденной генеральным секретарем ООН.
После внеочередных президентских выборов в октябре 2011 года главой Киргизии стал Алмазбек Шаршенович Атамбаев. Он родился 17 сентября 1956 года в селе Арашан Чуйской области Киргизии. В 1980 году окончил Московский институт управления, работал инженером в министерстве связи Киргизии (1980-1981), главным инженером дорожно-эксплуатационного управления (1981-1983), на различных должностях в президиуме Верховного Совета Киргизии (1983-1987), с 1987 года был заместителем председателя первомайского райисполкома во Фрунзе (ныне Бишкек). В 1989-1997 годах занимал должность директора научно-производственной фирмы "Форум", затем с 1997 по 1999 год — генерального директора АО "Кыргызавтомаш". В 1999-2004 годах был председателем совета директоров Промышленной группы "Форум", а с 2004 по 2005 год — председателем совета директоров Корпорации "Кыргызавтомаш". В 2005-2006 годах занимал пост министра промышленности, торговли и туризма Киргизии. В марте-ноябре 2007 года был премьер-министром республики.
В 2007-2010 годах занимался активной общественно-политической деятельностью. В апреле-июне 2010 года был первым заместителем главы временного правительства. В ноябре-декабре 2010 года — депутат парламента Киргизии, лидер фракции Социал-демократической партии. С 20 декабря 2010 года — премьер-министр Киргизии.
30 октября 2011 года был избран президентом Киргизии.
Президент Киргизии Алмазбек Атамбаев должен покинуть высокий пост до 1 декабря 2017 года. Согласно действующей Конституции Киргизии, президент страны избирается на шестилетний срок. Одно и то же лицо не может быть избрано президентом дважды.
