Московский зоосад был организован Русским Императорским Обществом акклиматизации животных и растений и открылся для публики 12 февраля 1864 года.
Это первая попытка создания научного учреждения — живого музея на открытом воздухе. В довольно суровых климатических условиях.
Кроме представителей российской фауны были и экзотические существа — львы, ягуар, носорог, попугаи и аллигатор.
Организаторы имели целью не только создать общедоступное образовательное и научное учреждение, но подразумевали и практическое использование коллекции.
Животных для зоосада покупали или отправляя для отлова специальные экспедиции.
Во время революционных событий в 1905 и в 1917 годах зоосад сильно пострадал: были разрушены здания, погибли многие животные, сгорела библиотека.
При советской власти зоосад был национализирован и стал именоваться зоопарком. На открытой в начале 20-х годов Новой территории животные содержались не в клетках, а в больших просторных вольерах, отделенных от зрителей металлическими ограждениями и рвами с водой.