В эпоху правления царя Алексея Михайловича новый патриарх Никон инициировал сравнение русских священных текстов с греческими для выявления расхождений. Созванный в 1654 году в Москве Собор постановил привести богослужебные книги в соответствие со старыми рукописями и новыми греческими книгами.
Появились противники реформы; на них начались гонения, продолжавшиеся около двух веков. Новые обряды и чины богослужений были утверждены на Соборе 1666 года. В отношении старообрядцев, разделившихся со временем на течения и толки, при разных монархах были периоды оттепели и жестких мер: от легальной деятельности Белокриницкой иерархии на Рогожском кладбище в Москве до так называемого "запечатания алтарей", когда староверам было запрещено служить литургию.
В 1800 году для части старообрядцев-поповцев, искавших сближения с Московским Патриархатом, была создана специальная единоверческая структура: сохраняя дореформенный обряд, они переходили под юрисдикцию РПЦ, признавая тем самым, что обрядовые различия не затрагивают общего догматического учения. Так, например, перстосложение в крестном знамении, хотя и различается в способе соединения пальцев, в обоих обрядах символизирует единство трех ипостасей Святой Троицы и двуединую богочеловеческую природу Христа.
В 1905 году Николай II указом о веротерпимости снял все ограничения в правах со старообрядцев, а в 1971 Поместный Собор Русской православной церкви принял постановление о снятии клятв и анафем со старых обрядов.