Владелец издательского дома "Коммерсантъ" Алишер Усманов уволил генерального директора ЗАО "Коммерсантъ Холдинг" Андрея Галиева и главного редактора журнала "Коммерсантъ Власть" Максима Ковальского.
Издательский дом "Коммерсантъ" был создан на базе частного еженедельника "Коммерсантъ", основанного в июне 1988 года. История ИД "Коммерсантъ" начинается с того момента, когда 15 июня 1988 года корреспондент журнала "Огонек" Владимир Яковлев зарегистрировал информационный кооператив "Факт", который в сотрудничестве с Союзом кооператоров начинает выпускать первое частное деловое издание в стране — газету "Коммерсантъ".
В декабре 1989 года вышел нулевой (пилотный) номер тогда еще еженедельной газеты. А с 8 января 1990 года газета стала выходить в регулярном режиме. Первые же номера принесли изданию успех. Уже в 1992 году издательский дом приступил к выпуску ежедневной газеты "Коммерсантъ-Daily". В 1993 году еженедельник "Коммерсантъ" трансформировался в цветной журнал "Коммерсантъ". В том же году вышел полноцветный ежемесячный журнал для семейного чтения "Домовой", годом позже появились ежемесячник "Автопилот" и еженедельник "Коммерсантъ ДЕНЬГИ".
Сейчас ИД "Коммерсантъ" — это ежедневная газета "Коммерсантъ", ежедневная газета "Коммерсантъ в регионах", аналитический еженедельник "Коммерсантъ ВЛАСТЬ", экономический еженедельник "Коммерсантъ ДЕНЬГИ", автомобильный журнал "Автопилот", ежемесячный журнал о шоппинге "Коммерсантъ КАТАЛОГ", ежемесячный деловой журнал "Секрет Фирмы", культовый европейский журнал "CITIZEN K", еженедельный журнал о том, что делать, "Коммерсантъ WEEKEND".
В изданиях и технических службах ИД "Коммерсантъ" работают свыше 800 человек. Аудитория печатной продукции ИД «Коммерсантъ» превышает 1 миллион человек.
В 1999 году 100% акций ИД "Коммерсантъ" приобрели Борис Березовский и Бадри Патаркацишвили, имеющие совместный бизнес, который в основном находится за пределами России. За последние пять лет они продали свои доли в "Русале", ОРТ и "Сибнефти", сохранив лишь все акции издательского дома "Коммерсантъ".
17 февраля 2006 года стало известно, что один из совладельцев газеты Борис Березовский продает свою долю собственности в ИД "Коммерсантъ", а вместе с ним и другие свои активы, второму совладельцу — Бадри Патаркацишвили, который возглавляет совет директоров ИД "Коммерсантъ". В состав совета директоров ИД «Коммерсантъ» входят восемь человек. Помимо Бадри Патаркацишвили, это бизнесмен и давний соратник Бориса Березовского Юлий Дубов, бывший гендиректор "Коммерсанта" Владимир Ленский, Демьян Кудрявцев, который сменил его на этом посту 4 января 2006 года, главный редактор газеты "Коммерсант-Украина" Андрей Васильев и некогда генеральный директор ИД, заместитель главного редактора газеты "Коммерсантъ" Азер Мурсалиев, а также Наталья Носова и Наталья Крохина.
В августе 2006 года стало известно имя нового владельца издательского дома "Коммерсантъ"; им стал — российский бизнесмен Алишер Усманов.
Согласно отчету, опубликованному в базе СПАРК, в 2010 году ИД "Коммерсантъ" получил чистую прибыль 116 миллионов рублей. В 2009 году у издательского дома был чистый убыток в 52 миллиона рублей. По данным на конец 2010 года, обязательства по краткосрочным займам и кредитам составили 256,4 миллионов рублей, а общая сумма кредиторской задолженности достигла 532 миллионов рублей (на конец 2009 года она была 304 миллиона рублей).
