Кронпринц Габсбург родился 20 ноября 1912 года в городе Райхенау в Австро-Венгрии. После падения монархии Габсбургов жил с семьёй в Швейцарии, позже на Мадейре, после смерти отца в 1922 году рос в Испании и Бельгии. В 1933 году окончил Лёвенский католический университет. Был активным противником национал-социалистического режима и "аншлюса" Австрии, после которого эмигрировал в США.
После окончания Второй мировой войны Габсбург вернулся в Европу, где проявил себя активным сторонником объединения континента. Много лет был членом Европарламента, являлся почётным председателем Международного панъевропейского союза.
В сентябре 2010 года Отто фон Габсбург был среди подписавших открытое письмо к ЕС с призывом о восстановлении территориальной целостности Грузии и возврат в её состав Абхазии и Южной Осетии.
Отто фон Габсбург был женат на принцессе Регине Саксен-Мейнингенской, которая скончалась в феврале 2010 года. Имеет семеро детей, 22 внуков и двух правнуков. Являлся главой дома Габсбургов, а также формальным претендентом на престолы нескольких несуществующих королевств - Венгерского, Богемского, Иллирийского и Иерусалимского.
