В 1994 г. Егор Кончаловский защитил диплом магистратуры по истории искусств в Кембриджском университете. По образованию он искусствовед, специалист по творчеству Дюрера и Рембрандта.
Одновременно с учебой Кончаловский работал ассистентом режиссера у своего отца Андрона Кончаловского на картинах "Танго и Кэш" (1989), "Гомер и Эдди" (1989), "Ближний круг" (1991).
В 1992 г. совместно с режиссером, сценаристом Андреем Разенковым Егор Кончаловский создал рекламную студию "PS TVC" (Partner Studio TVCommercials). Он является режиссером постановщиком более ста рекламных роликов для известнейших производителей.
В 1999 г. он поставил свой первый полнометражный художественный фильм "Затворник", за которым последовали фильмы: "Антикиллер" (2002), "Антикиллер-2: Антитеррор" (2003), "Побег" (2005), "Кракатук" (2007), "Консервы" (2007), "Розы для Эльзы", (2009), полнометражный 3D анимационный фильм "Наша Маша и Волшебный орех" (2009), сценарий которого написан по одноименной книге. В сюжете используются мотивы сказки Гофмана "Щелкунчик и мышиный король".
В 2010 г. на экраны вышел фильм "Москва, я люблю тебя!", состоящий из 18 пятиминутных разножанровых новелл, которые сняли режиссеры Егор Кончаловский (новелла "Ну что сказать вам, москвичи..."), Алла Сурикова, Вера Сторожева, Иван Охлобыстин и многие другие.
Кончаловский также в 2010 г. закончил большую сложную картину "Настоящий полковник" (Кара майор), которую снимал в горах Казахстана.
У Егора Кончаловского есть жена - актриса Любовь Толкалина и дочь - Мария (2001 г.р.).