Кинорежиссер и музыкант Неманья Эмир Кустурица родился 24 ноября 1954 года в Сараево, в то время - столице союзной республики Босния и Герцеговина в составе Югославии. Имя Неманья режиссер получил в 2005 году, когда принял православие.
Его отец - Мурат Кустурица - был членом Коммунистической партии и работал в Министерстве информации Боснии и Герцеговины.
В последних классах гимназии Эмир Кустурица играл в футбол и собирался подписать контракт с профессиональным клубом, но из-за болезни суставов о спорте пришлось забыть. Неожиданно для себя он увлекся кино. Награды за любительские фильмы, которые он снял еще в школе, позволили ему попасть в престижную Академию исполнительских искусств (FAMU) на факультет кино и телевидения в Праге, а фильм "Герника" (Guernica), снятый на третьем курсе, выиграл первый приз на кинофестивале в Карловых Варах в 1977 году.
Во время обучения в Праге Кустурица также снял короткометражные ленты "Часть правды" (1971) и "Осень" (1972).
По окончании киноакадемии в 1977 году молодой режиссер вернулся в Сараево, где занимался тем, что снимал короткометражные фильмы для местного телевидения: "Невесты идут" (Nevjeste dolaze/The Brides are Coming, 1978) и "Буфет Титаник" (Buffet Titanic, 1980), а вечером играл на гитаре в рок-группе.
В 1981 году состоялся дебют Эмира Кустурицы в полнометражном кино - на экраны вышла картина "Ты помнишь Долли Белл?"
Фильм принес ему большой успех, приз за лучший дебютный фильм и приз ФИПРЕССИ на международном кинофестивале в Венеции.
В Сараево Кустурица также занимался преподавательской деятельностью в местной киношколе. В это же время он успел снять свой второй фильм – "Папа в командировке" ("Отец уехал по делам", 1985), который был награжден "Золотой пальмовой ветвью", призом ФИПРЕССИ на Каннском фестивале, а также номинирован на "Оскар" и "Золотой глобус".
Третья картина Кустурицы, "Время цыган" ("Дом для повешения", Dom za vesanje/Time of the Gypsies ,1989) была создана при участии британских и итальянских продюсеров и удостоена на Каннском кинофестивале приза за режиссуру. Много лет спустя, 26 июня 2007 года, состоялась премьера панк-оперы "Время цыган", написанной музыкантами группы The No Smoking Orchestra по мотивам одноименного фильма.
Одновременно с преподавательской деятельностью Кустурица играл на бас-гитаре в сараевской панк-рок-группе Zabranjeno pu enje, за что был уволен из киношколы, но вскоре был приглашен Милошем Форманом преподавать кинорежиссуру в Колумбийском университете Нью-Йорка.
Однажды студент по имени Дэвид Аткинс принес Кустурице сценарий фильма "Аризонская мечта" (Arizona Dream, 1993). Режиссер доработал текст и снял картину, в которой были заняты американские звезды – Джонни Депп, Фэй Данауэй, Джерри Льюис. Картина создавалась несколько лет. Получившийся фильм не вызвал восхищения у критиков и провалился в прокате, хотя и был удостоен премии "Серебряный медведь" на Берлинском кинофестивале.
В 1992 году началась Боснийская война. Дом семьи Кустурицы в Сараево был разрушен, отец режиссёра Мурат Кустурица вскоре после этого скончался от сердечного приступа.
Поворотным пунктом в судьбе режиссера стал фильм "Подполье" ("Андеграунд", 1995), принесший Кустурице вторую "Золотую пальмовую ветвь". После показа "Подполья", в котором режиссер попытался осмыслить причины югославской войны, боснийское телевидение стало представлять режиссера монстром, администрация Сараева начала репрессии против его семьи. Мать Эмира была вынуждена переехать в Черногорию, а Кустурица даже заявлял, что уходит из кино.
В это же время он затеял небольшой проект для немецкого телевидения о цыганской музыке под названием "Музыка-акробатика". Из этой затеи получился полнометражный фильм "Чёрная кошка, белый кот" (1998). Картина была фаворитом Венецианского кинофестиваля в 1998 году, но не получила главный приз, а всего лишь приз жюри за лучшую режиссуру. Музыку к "Чёрной кошке…" написал Нелле Карайлич, который незадолго до начала работы над фильмом создал свою версию сараевской рок-группы Zabranjeno pu enje под новым названием The No Smoking Orchestra.
После "Чёрной кошки…" последовал длительный перерыв, в течение которого Кустурица был занят в основном The No Smoking Orchestra. В 2001 году режиссёр снял документальный фильм о группе "Истории на Cупер 8".
В этот же период Кустурица как актёр снялся в фильмах "Вдова с острова Сан-Пьер" (2000), "Хороший вор" (2003), а также продюсировал картину своего соотечественника Душана Милича "Клубничка в супермаркете" (2003).
В 2004 году после долгого перерыва на экраны вышел новый фильм Эмира Кустурицы "Жизнь как чудо", который был представлен на 57-м Каннском кинофестивале, но получил лишь приз французской системы образования. Тем не менее, без наград картина не осталась: за "Жизнь как чудо" Кустурица был удостоен премии "Сезар".
В декабре того же года, в рамках европейского турне под названием "Жизнь как чудо и не только тур", он с группой The No Smoking Orchestra посетил Россию и дал концерты в Москве и Санкт-Петербурге. Тогда же он заявил, что "больше не будет снимать кино и выступать на эстраде".
В 2005 году Кустурица сам возглавил каннское жюри, которое под его руководством присудило "Золотую пальмовую ветвь" фильму братьев Дарденн "Дитя"». В том же году он поучаствовал в создании киноальманаха "Невидимые дети", поставив один из семи эпизодов этого фильма – "Синий цыган".
Восьмой полнометражный фильм Кустурицы, премьера которого состоялась в мае 2007 года, получил название "Завет". С этой лентой Кустурица участвовал в конкурсе 60‑го Каннского фестиваля, и, в пятый раз приняв участие в этом престижном киносмотре, впервые не получил ни одного приза.
Кроме игрового кино Кустурица известен как автор документальных фильмов. Так, в 2008 году вышел документальный фильм "Марадона" о знаменитом аргентинском футболисте Диего Марадоне. Премьерный показ состоялся на 61-м Каннском кинофестивале.
Эмир Кустурица является командором французского Ордена искусств и литературы.
Помимо кинематографа и музыки, в увлечения режиссера входит также и архитектура. В 2005 году его проект, деревня Кюстендорф, туристический объект в горном районе Златибор в Сербии, получил премию Филиппа Ротье. Деревня была открыта 25 сентября 2004 года, в день премьеры фильма "Жизнь как чудо".
Эмир Кустурица женат. Его жена - Майя Кустурица - указана в титрах фильма "Жизнь как чудо" в качестве продюсера. У Эмира и Майи двое детей - сын Стрибор и дочь Дуня. Стрибор Кустурица является ударником в The No Smoking Orchestra; он также снялся как актёр в фильмах своего отца "Жизнь как чудо" и "Завет", а в последнем выступил ещё и в качестве композитора.