Заместитель Генерального директора ГК «Роснанотех» Андрей Борисович Малышев родился 26 сентября 1959 года в Москве.
В 1982 году окончил Московский энергетический институт по специальности автоматизация теплоэнергетических процессов, инженер-теплоэнергетик.
После окончания института до 2002 года работал в Государственном научно-исследовательском, проектно-конструкторском и изыскательском институте «Атомэнергопроект» (ныне ФГУП). Занимал должности от инженера до генерального директора (с 1997 года).
В июле 2002 года был назначен заместителем Министра Российской Федерации по атомной энергии. В период работы на этом посту координировал вопросы: выработки перспективной стратегии развития атомной энергетики, которая вошла составной частью в «Энергетическую стратегию России на период до 2020 года»; разработки, проектирования и строительства атомных станций и объектов атомной энергетики в России и за рубежом; безопасной эксплуатации, реконструкции, модернизации АЭС и продления срока службы, вывода их из эксплуатации; экологической безопасности атомной энергетики; производства оборудования для АЭС и объектов атомной энергетики.
С июня 2003 года работал в должности начальника (руководителя) Госатомнадзора России, преобразованного в марте 2004 года в Федеральную службу по ядерной и радиационной безопасности. Под его руководством были развернуты работы по совершенствованию национального ядерного законодательства в области регулирования ядерной и радиационной безопасности с участием международных организаций.
1 июля 2004 года Андрей Малышев назначен заместителем руководителя Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору.
2 июля 2004 года распоряжением Правительства Российской Федерации на заместителя руководителя Службы Малышева было возложено временное исполнение обязанностей руководителя Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору.
С мая 2006 года по октябрь 2007 года он работал в должности заместителем руководителя Росатома, координируя вопросы обеспечения ядерной и радиационной безопасности и вывода из эксплуатации объектов использования атомной энергии, в том числе решения проблем «наследия» гонки вооружений. Активно участвовал в подготовке, согласовании и утверждении федеральной целевой программы «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2008 год и на период до 2015 года». В 2007 году активизировал деятельность учреждений Росатома по внедрению современных достижений в гражданском секторе экономики, в том числе в области ядерной медицины.
С 29 октября 2007 года Андрей Малышев – заместитель Генерального директора ГК «Роснанотех».
Кандидат социологических наук (2001), кандидат технических наук (2003).
Женат, имеет дочь.