Государственный музей-заповедник А.С. Пушкина «Михайловское» официально основан в 1922 году по постановлению Совнаркома РСФСР.
Еще с 30-х годов XIX века за селом Михайловским закрепилось определение поэтической родины Александра Пушкина.
В 1824-1826 годах поэт отбывал здесь ссылку. В Михайловском Пушкиным написано более ста произведений, в том числе 3, 4, 5 и 6-я главы «Евгения Онегина», «Борис Годунов», «Цыганы», «Граф Нулин».
В 1899 году, в 100-летнюю годовщину со дня рождения поэта, по инициативе псковского дворянского собрания Михайловское было выкуплено у младшего сына поэта Григория Пушкина в общественную пользу с целью открытия в нем «какого либо благотворительного учреждения», связанного с именем Пушкина.
В 1908 году дом Пушкина сгорел, вновь был отстроен в 1911 году.
До 1917 года в Михайловском находилась колония для престарелых литераторов и учителей, «подорвавших здоровье на ниве народного просвещения» и «музей Пушкина», в котором были представлены некоторые пушкинские вещи. Первым подвижником хранителем «Пушкинского уголка» была писательница, жившая в колонии, Варвара Тимофеева Починковская.
В 1917 году село Михайловское было изъято у псковского дворянства и передано в общегосударственное ведение, а в 1922 году решением советского правительства был создан крупнейший в стране литературно мемориальный заповедник.
В 1933 году заповедник был передан в ведение Академии наук СССР, в 1953 году в ведение Министерства культуры СССР, в 1957 году Министерства культуры РСФСР.
В 1936 году границы музея значительно расширились за счет присоединения Петровского, Савкина с городищем Савкина Горка, городища Воронич и всей территории Святогорского монастыря.
В 1935-1937 годах в Пушкинском заповеднике были проведены восстановительные и научно музейные работы: отстроен на старом фундаменте дом музей, в нем открыта экспозиция, отремонтирован домик няни, произведена расчистка парка Михайловского и частично восстановлена его первоначальная планировка. Большие реставрационные работы были проведены в парках Тригорского и Петровского. Отремонтирован древний Успенский собор Святогорского монастыря, памятник на могиле поэта, плиты на могилах Осипа и Марии Ганнибалов.
В годы фашистской оккупации заповеднику был нанесен большой урон: разграблен и сожжен Дом-музей, разрушен домик няни (на его месте был построен блиндаж); в парке и рощах были вырублены деревья, вырыты траншеи и бункера, установлены мины. В деревне Вороничи была сожжена Воскресенская церковь, в Святогорском монастыре уничтожен Никольский храм, взорвана колокольня Успенского собора, частично или полностью уничтожены другие монастырские постройки. Могила Пушкина и площадка вокруг нее была заминирована. Впоследствии специальные саперные части обезвредили на территории заповедника более 7 тысяч мин.
В 1949 году, в день 150 летия со дня рождения поэта, для посетителей открылся восстановленный Дом-музей Пушкина. К тому времени были также восстановлены домик няни и Успенский собор Святогорского монастыря.
С 1967 года в первое воскресенье июня в музее ежегодно проводятся Пушкинские Дни поэзии, посвященные дню рождения великого поэта.
В 1977 году открылся музей в восстановленном доме Ганнибалов в Петровском, экспозиция которого посвящена предкам Пушкина.
В 1992 году Святогорский монастырь был передан Русской Православной Церкви в бессрочное и безвозмездное пользование, возрожден мужской монастырь.
В 1995 году постановлением правительства Российской Федерации Государственный музей-заповедник А.С.Пушкина в селе Михайловском был преобразован в Государственный мемориальный историко литературный и природно ландшафтный музей-заповедник А.С.Пушкина «Михайловское». Его территория была расширена за счет включения в него усадеб друзей, родственников и знакомых поэта: Голубова, Лысой Горы, Воскресенского, Дериглазова, городищ Врев и Велье.
6 декабря 1995 года указом президента РФ музей-заповедник был включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В 1995 2001 годах в связи с подготовкой к 200 летию со дня рождения Пушкина были проведены реставрационно восстановительные работы в усадьбах Тригорское, Михайловское и Петровское, на территории Святогорского монастыря укреплен могильный холм, на котором находятся некрополь Ганнибалов Пушкиных и Успенский собор.
Собрание музейного фонда Пушкинского Заповедника составляет свыше 37 000 единиц хранения, среди которых семейные реликвии рода Пушкиных, мемориальные вещи, принадлежавшие Пушкину, его близкому окружению. Коллекция содержит собрания живописи, графики, скульптуры, прикладного искусства, фотографий и фотонегативов, редкой книги, икон, нумизматики, оружия.
Общая площадь территории музея-заповедника составляет 9 800 гектаров.
В начале мая 2009 года против директора музея-заповедника «Михайловское» Георгия Василевича было возбуждено уголовное дело по подозрению в нецелевом использовании бюджетных средств в размере 127 тысяч рублей.
Позднее Следственный комитет при прокуратуре (СКП) РФ заявил о процессуальных нарушениях, выявленных при проведении доследственной проверки и возбуждении уголовного дела.
Сотрудники музея-заповедника обратились в Общественную палату РФ по вопросу, связанному с возбуждением уголовного дела против Василевича. Для изучения ситуации в Псковскую область выехала экспертная комиссия Общественной палаты.
В конце мая 2009 года Общественная палата направила в Генпрокуратуру РФ письмо, где было сказано, что обвинения, выдвинутые против Георгия Василевича, являются целенаправленной кампанией по его необоснованной дискредитации, которая ведется для его замены с целью продажи земель заповедника.
Как утверждает директор музея, исторический пейзаж «Михайловского» находится под угрозой: по словам Василевича, целый ряд пейзажных земель заповедника, которые сохраняют исторический ландшафт пушкинской эпохи, может был продан с возможностью последующей их передачи из категории земель сельскохозяйственного назначения в категорию земель под застройку.
По данным СМИ, несанкционированная застройка на территории музея-заповедника ведется у Святогорского монастыря, где похоронен Пушкин, а также в деревнях Зимари и Дедовцы.
Вместе с тем, по данным зампредседателя комитета по культуре Псковской области Натальи Сергеевой, угрозы историческому облику музея-заповедника не существует. Землеотводы, перевод земли из одной категории в другую согласовывался с властями области и комитетом по имуществу, который занимается земельными вопросами. Передача земельных участков под застройку рассматривается, и при положительном решении данная процедура проходит в соответствии с действующим законодательством. Для каждого владельца прописывается, что можно строить на данном участке, а что нет.
По словам Сергеевой, пока власти стараются не допускать нарушения законодательства, и на сегодняшний день лишь по одному из строящихся объектов ведется судебное разбирательство.