В мае 2009 года Роспотребнадозр запретил ввоз почти всех видов белорусской молочной продукции в РФ. Это послужило причиной для неучастия белорусской делегации в саммите ОДКБ в Москве.
В 2006 году Россия ввела ограничения на доступ сахара из Белоруссии на российский рынок в связи с тем, что Белоруссия начала ввозить в Россию вместо свекловичного сахара беспошлинно и без ограничений дешевый сахар-сырец. Эти ограничения были сняты в начале 2007 года.
В октябре 2006 года Россия ограничила ввоз товаров из Белоруссии. По словам заместителя главы Минэкономразвития Андрея Шаронова, Москва сократила закупки продукции из Белоруссии на бюджетные средства. Сделано это было в ответ на поступившую информацию о дискриминации российских товаров при проведении Белоруссией госзакупок. В то же время каких-либо других ограничений на ввоз белорусских товаров для предпринимателей и организаций не было.
В марте 2006 года глава "Газпрома" Алексей Миллер заявил, что цены на газ для Белоруссии с 2007 года будут повышены до "соответствующих европейскому уровню". Планировалось, что переговоры по поставкам российского газа в Белоруссию на 2007 год начнутся в марте 2006 ода. В начале апреля 2006 года министр энергетики Белоруссии Александр Агеев заявил, что переговоры с Газпромом о цене российского газа на 2007 год состоятся в мае, однако переговоры были перенесены на осень. Контракт на поставку газа в 2007 году должен быть заключен до конца 2006 года. В ходе переговоров, состоявшихся 26 декабря 2006 года, Газпрому и белорусской стороне не удалось договориться о цене на российский газ для Белоруссии в 2007 году. Глава Газпрома Алексей Миллер по итогам встречи с вице-премьером Белоруссии Владимир Семашко заявил, что Белоруссии сделаны очень выгодные предложения. "Цена, которая предлагается белорусским коллегам, – 75 долларов за тысячу кубометров (оплата денежными средствами) и 30 долларов – оплата акциями Белтрансгаза", – отметил Миллер.
Белоруссия настаивала на своих условиях – 75 долларов за тысячу кубометров, из которых 45 долларов оплачиваются деньгами, а 30 долларов – акциями Белтрансгаза.
27 декабря 2006 года глава Газпрома Алексей Миллер подтвердил, что в случае незаключения контракта с Белоруссией у компании не будет оснований поставлять газ этой стране. "Если контракт не будет заключен, у Газпрома не будет никаких оснований для осуществления поставок в Белоруссию с 10 утра 1 января 2007 года", – сказал Миллер. Контракт на поставки и транзит газа из РФ был подписан в Москве за две минуты до наступления нового года – 31 декабря 2006 года в 23 часа 58 минут. В соответствии с контрактом цена на российский газ в 2007 году составила 100 долларов за тысячу кубометров, формула цены с 1 января 2008 года будет соответствовать формуле цены при поставках российского газа в Европу, скидки от рыночной цены на 2008, 2009 и 2010 годы составят 67%, 80% и 90% соответственно.
1 января 2007 года Белоруссия ввела пошлину на транзит российской нефти через свою территорию в Европу, что привело к прекращению поставок нефти по нефтепроводу "Дружба" в Польшу и Германию в ночь с 7 на 8 января, в Словакию – 8 января.
После двухсторонних переговоров между Владимиром Путиным и Александром Лукашенко правительство Белоруссии 10 января 2007 года отменило решение о взимании пошлины. 11 января поставки нефти в Европу возобновились в полном объеме, а 12 января правительства России и Белоруссии по итогам двухдневных переговоров подписали соглашение по урегулированию торгово-экономического сотрудничества в области экспорта нефти и нефтепродуктов.
В июле 2007 года между Россией и Белоруссией разразился газовый конфликт из-за несвоевременной оплаты Белоруссией голубого топлива.
В соответствии с подписанным контрактом "Газпром" в 2007 году должен был поставить "Белтрансгазу" 21,7 млрд кубометров газа по цене 100 долларов за тысячу кубометров. Цена для Белоруссии на российский газ с начала года была повышена с 46,68 доллара до 100 долларов за тысячу кубометров. Однако Минску была предоставлена отсрочка по платежам – в первом полугодии 2007 года он оплачивал 55% поставок газа, а с июля должен был перейти на 100%-ную оплату и погасить к 23 июля весь долг. В отведенный срок "Белтрансгаз" не произвел платежа, и "Газпром" предупредил Минск о сокращении поставок на 45% – до фактического уровня оплаты с 1 августа в случае неперечисления средств. В итоге Белоруссия выделила средства из резервного фонда и в течение недели несколькими частями переправила их на счета "Газпрома".
В июне 2008 года министр сельского хозяйства России Алексей Гордеев выступил с предложением об ограничении импорта сухого молока из Белоруссии. Министр заявил, что рост импорта молока оказывает негативное влияние на внутренний российский рынок. Вторым негативным фактором является снижение закупочных цен на сырое молоко, сказал Гордеев.
В то же время первый вице-премьер РФ Виктор Зубков поручил комиссии по таможенно-тарифному регулированию Минэкономразвития России провести расследование по вопросу о ценовой политике Белоруссии при поставках сухого молока в РФ и не исключил, что Россия может инициировать антидемпинговое расследование в этой сфере.
15 июля 2008 года министр сельского хозяйства и продовольствия Белоруссии Семен Шапиро заявил, что Беларусь и Россия нашли понимание в вопросе с ценами на сухое молоко.
В начале июня 2009 года Россия запретила ввоз на свою территорию почти всего спектра молочной продукции белорусского производства. По словам главы Роспотребнадзора Геннадия Онищенко, запрет был введен в связи с тем, что белорусские производители не переоформили разрешительную документацию в соответствии с требованиями технического регламента по молоку, вступившими в России в силу в декабре 2008 года.
