Валерий Шумаков родился 9 ноября 1931 года в Москве. Окончил 1-й Московский медицинский институт. В 1956-1959 годах - аспирант кафедры оперативной хирургии. В 1959 году защитил кандидатскую диссертацию, а в 1965 году - докторскую.
После аспирантуры работал в академической группе Б.В.Петровского по проблеме искусственного кровообращения при открытой коррекции пороков сердца. С 1963 по 1966 год работал старшим научным сотрудником НИИ клинической и экспериментальной хирургии министерства здравоохранения СССР.
В 1966-1969 годах - руководитель лаборатории искусственного сердца и вспомогательного кровообращения института. В 1969-1974 годах - руководитель отдела трансплантации и искусственных органов.
С 1974 года был директором НИИ трансплантологии и искусственных органов министерства здравоохранения РФ.
Кардиохирург широкого профиля, Валерий Шумаков - один из основоположников отечественной клинической трансплантологии, впервые в стране он успешно выполнил пересадку сердца, печени и поджелудочной железы, а также двухэтапную пересадку сердца.
Автор трех научных открытий, 17 монографий и более 450 научных работ, имеет более 100 изобретений как в клинической хирургии, так и на стыке медицины и точных наук.
Научные и практические достижения Шумакова отмечены Государственной премией СССР, Орденом "За заслуги перед Отечеством" III степени, международной наградой академика Б.В.Петровского "Выдающемуся хирургу мира", премией правительства РФ в области науки и техники за разработку и внедрение в клиническую практику пересадки сердца.