Основными причинами чрезвычайных происшествий в метрополитене являются аварийные отключения электропитания, а также падения (по причине неосторожности или преднамеренно) пассажиров на пути.
10 апреля 2001 г. между станциями “Кантемировская” и “Царицыно” произошел обвал грунта и подтопление тоннеля, что привело к четырехчасовому перерыву в движении поездов.
В августе 2003 г. произошло внезапное обесточение станции “Беговая”, причиной которого послужило отключение основной подстанции вследствие короткого замыкания. На станции отключилось освещение и остановились эскалаторы.
6 октября 2003 г. утром на перегоне между станциями “Таганская” и “Пролетарская” было обнаружено поввреждение рельса, вследствие чего оказалось затруднено движение поездов по Таганско-Краснопресненской линии.
20 апреля 2004 г. между станциями “Профсоюзная” и “Новые Черемушки” произошло отключение электропитания, вследствие чего было прервано движение поездов на Калужско-Рижской линии. Один из поездов с пассажирами на момент ЧП находился в тоннеле. Позже он был отбуксирован на станцию.
11 мая 2004 г. на перегоне между станциями “Каширская” и “Красногвардейская” во время движения произошла поломка состава, приведшая к тому, что он застрял в тоннеле. При попытке отбуксировать его при помощи другого состава произошла вторая авария. Расследование причин ЧП завершилось тем, что уволенными оказались начальник депо “Сокол”, два машиниста и машинист-инструктор.
30 ноября 2004 г. в московском метрополитене произошли сразу три чрезвычайных происшествия. Первым из них ранним утром стало столкновение двух составов - стоящего на станции и выходившего из тупика - на Серпуховско-Тимирязевской линии, в результате чего движение поездов между станциями “Южная” и “Нагатинская” было прервано на несколько часов. Позже, когда движение уже было восстановлено, на станции “Нагатинская” под прибывающий поезд бросилась женщина, однако осталась жива и была доставлена вв больницу. В этот же день на станции “Кантемировская” на пути упал мужчина 58-ми лет, скончавшийся на месте ЧП.
23 февраля 2005 г. в метрополитене сразу четыре человека покончили жизнь самоубийством, бросившись на различных станциях (“Менделеевская”, “Китай-город”, “Курская” и “Арбатская” Арбатско-Покровской линии) под прибывающие поезда. Самоубийцами оказались женщина и трое мужчин, у одного из которых была обнаружена предсмертная записка. И в этот же день на станции “Пушкинская” на рельсы перед идущим поездом по неосторожности упал мужчина. Последний получил серьезные травмы и позже скончался в больнице.
28 апреля 2005 г. на станции “Выхино” под прибывающий поезд бросилась девушка 22-х лет (гражданка Белоруссии). Машинист сумел своевременно остановить состав, в результате чего девушка отделалась лишь рядом телесных повреждений и была доставлена вв больницу. Спустя непродолжительное время машинист - мужчина 47-ми лет - почувствовал себя плохо и скончался от сердечного приступа.
25 мая 2005 г. метрополитен г. Москвы оказался частично обесточен ввиду случившейся на одной из столичных энергостанций масшатбной аварии. В течение нескольких часов не функционировали (или же функционировали частично) Калужско-Рижская, Люблинская и Серпуховская линии. Также было временно прекращено движение составов по железнодорожной магистрали, соединяющей Павелецкий вокзал и аэропорт “Домодедово”. Пассажиры метрополитена были оперативно эвакуированы. Пострадавших не оказалось.
Последнее крупное происшествие в московском метрополитене (и также связанное с отключением энергопитания) случилось 6 октября 2005 г., когда на Сокольнической линии было временно остановлено движение поездов. Причина ЧП - резкое падение напряжения в сети между станциями “Лубянка” и “Чистые пруды”. Пассажирам метрополитена было предложено воспользоваться наземным транспортом, а движение было восстановлено менее чем через два часа.