Михаил Сергеевич Козлов родился 27 октября 1951 года в городе Печора Коми АССР. Окончил Томский институт радиоэлектроники и электронной техники по специальности "промышленная электроника" в 1973 году, Академию народного хозяйства при Правительстве РФ в 1992 году.
Трудовую деятельность начал в 1973 году на заводе "Азовсталь" на Украине дежурным электриком.
В 1974 году переехал в город Кызыл Тувинской АССР. В разное время работал начальником АТС, главным инженером Кызылского городского узла связи. В течение двух лет до 1982 года работал инструктором в Совете Министров Тувинской АССР.
С 1982 по 1984 год - ведущий инженер в Госкомитете СССР по телевидению и радиовещанию.
Занимал руководящие должности в Госплане, Верховном Совете, Верховном Хурале Тувинской АССР.
С 1997 по 1998 год работал в Госкомитете РФ по вопросам развития Севера.
С 1998 по 1999 год являлся заместителем начальника Управления территориальных органов Министерства региональной политики РФ.
В 2000 году исполнял обязанности полномочного представителя Президента РФ в Республике Тыва, с августа 2000 года по декабрь 2001 года был главным федеральным инспектором в Республике Хакасия.
С декабря 2001 года по ноябрь 2002 года являлся начальником управления делами, с ноября 2002 года по октябрь 2003 года - советником Председателя Совета Федерации Сергея Миронова.
С 2003 по 2005 год работал в Счетной палате РФ.
5 мая 2005 года назначен заместителем главы администрации Алтайского края.
10 августа Указом Президента РФ назначен временно исполняющим обязанности главы администрации Алтайского края.
Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса (2002).