Существовавшие и ранее межнациональные трения между грузинами и югоосетинами сдетонировали зимой 1989-1990 гг. в результате развязанной тбилисским руководством националистической линии.
В конце 1989 г. грузинские власти ввели в Цхинвали подразделения МВД Грузии. Осетины, в свою очередь, создали собственные вооруженные структуры - национальную гвардию. Между грузинскими и осетинскими формированиями развернулись боевые действия. Появились никем не контролируемые вооруженные группы.Во время нахождения у власти в Грузии З.Гамсахурдиа в 1990-1991 гг. Тбилиси еще решительнее стал проводить линию “Грузия для грузин”, активизировав одновременно попытки решения “осетинской проблемы” силовым путем и перейдя к боевым действиям с применением тяжелого вооружения.
9 декабря 1990 г. Верховный Совет Грузии упразднил Югоосетинскую автономную область и принял закон “О чрезвычайном положении”. Результатом начавшейся 6 января 1991 г. вооруженной агрессии звиадистов, введших в Цхинвали в рамках карательной операции войска МВД Грузии и “добровольцев”, стала эскалация конфликта, в ходе которого погибли и были ранены тысячи осетин и грузин, значительную часть которых составляли мирные жители. Несколько десятков тысяч, в основном югоосетин, оказались беженцами, главным образом в Северную Осетию, что создало серьезные социально-экономические проблемы для Владикавказа. Уже 20 января 1991 г. встретившие жесткое сопротивление грузинские части оставили город, но активные боевые действия между осетинскими и грузинскими формирования закончились только весной 2002 г.19 января 1992 г. в Южной Осетии был проведен референдум, в результате которого 22 мая 1992 г. Верховный Совет Южной Осетии принял Акт о государственной независимости.
Фактическое замораживание конфликта произошло после подписания 14 июня 1992 г. уже новым грузинским руководством Дагомысских соглашений. Введение в зону конфликта смешанных российско-грузино-осетинских миротворческих сил в июле 1992 г. успокоило ситуацию и во многом стало залогом невозобновления конфликта. Важнейшую роль при этом сыграла и созданная в результате Дагомысских соглашений Смешанная контрольная комиссия по урегулированию грузино-осетинского конфликта.