Агентство находится в ведении Министерства здравоохранения и социального развития РФ.
Согласно документу, Федеральное медико-биологическое агентство является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия населения отдельных территорий и работников отраслей промышленности с особо опасными условиями труда. Кроме того, агентство управляет государственным имуществом и оказывает государственные услуги своей сфере.
К числу функций агентства также отнесены организация и осуществление мер, направленных на выявление особо опасных факторов физической, биологической и химической природы и устранение их влияния, а также издание индивидуальных правовых актов в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия и медико-санитарного обеспечения.
Предельная численность работников центрального аппарата агентства на период по 30 сентября 2005 года установлена в количестве 154 единиц (без персонала по охране и обслуживанию зданий). Фонд оплаты труда работников (в расчете на квартал) установлен в размере 7053,3 тысячи рублей.
Финансирование расходов на содержание агентства в 2004 - 2005 годах будет осуществляться за счет средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание упраздненного Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации.
