Яковенко родился 21 октября 1954 года. В 1976 году окончил факультет международных экономических отношений МГИМО(У) МИД России. Доктор юридических наук.
В 1976-1993 годах работал на различных дипломатических должностях в центральном аппарате МИДа, в том числе в департаменте внешнеполитического планирования, департаменте общеевропейского процесса, а также в постоянном представительстве России при ООН.
В 1993-1995 годах - заместитель директора департамента международного научно-технического сотрудничества; в 1995-1997 годах - заместитель директора департамента по вопросам безопасности и разоружения; в 1997-2000 годах - заместитель постоянного представителя Российской Федерации при международных организациях в Вене, Австрия; с 2000 года - директор департамента информации и печати, официальный представитель МИД Российской Федерации.
Принимал участие в работе ряда сессий Совета Безопасности и Генеральной Ассамблеи ООН, различных форумов ОБСЕ, на переговорах по сокращению вооруженных сил и вооружений в Европе, переговорах по мерам укрепления доверия в Европе, Совете управляющих МАГАТЭ, переговорах по созданию международной космической станции, российско-американской комиссии по экономическому и технологическому сотрудничеству, встречах экспертов выского уровня стран "восьмерки".
Имеет ранг Чрезвычайного и полномочного посла.
