Проведенными проверками, в частности, установлено, что агентством за счет программы "Обеспечение деятельности таможенной службы Республики Казахстан за рубежом" не по целевому назначении использованы бюджетные средства в сумме 6,5 миллиона тенге ($48 тысяч) на изготовление учебно-методической литературы, приобретение сувениров и журналов и расходных материалов, которые распределены по территориальным подразделениям.
Кроме того, центральной таможенной лабораторией Агентства были оплачены расходы в сумме 1,6 миллиона тенге ($11,8 тысячи) за долговременное хранение ампульных источников излучения, которые не были предусмотрены бюджетом.
Также за фактические невыполненные работы по метрологической аттестации приборов на расходы бюджета списано 1,7 миллиона тенге ($12,5 тысячи).
Счетным комитетом предписано Агентству принять меры по устранению выявленных нарушений, а также по привлечению к ответственности должностных лиц, допустивших нарушение требований бюджетного законодательства и иных нормативных правовых актов. Кроме того, Агентство должно провести до 1 ноября 2004 года служебное расследование по фактам необоснованного списания бюджетных средств.