Брджанин в 1992 году являлся вице-президентом, а позже - председателем кризисного штаба автономной области Краина, созданной сербами на части территории Боснии.
Судьи признали его виновным в преступлениях против человечности и нарушениях законов и обычаев войны. Они, в частности, сочли доказанным ответственность Брджанина за преследования на почве этнической принадлежности, пытки, депортации и умышленные убийства.
В решении судей подчеркивается, что Брджанин под руководством бывшего лидера боснийских сербов Радована Караджича принимал участие в реализации стратегического плана, направленного на изгнание из созданной в Боснии автономной области Краина всех несербов.
В рамках этой этнической чистки сотни боснийских мусульман и хорватов были убиты, а многие другие депортированы.
В то же время, судьи сняли с Брджнанина обвинение в геноциде, поскольку сочли недоказанным, что, по утверждению стороны обвинения, у него имело место стремление полностью или частично уничтожить проживавших в Краине хорватов и мусульман. При этом они указали на то, что большое число несербов было депортировано, а не убито.
Отклонение судьями обвинения в геноциде вызвало удивление наблюдателей, так как именно в Краине находились созданные сербами в ходе войны в Боснии концентрационные лагеры Омарска, Кератерм и Трнполье.
