Федеральной таможенной службе разрешено иметь до шести заместителей руководителя, в том числе одного первого, а также до восьми главных управлений и до 13 управлений по основным направлениям деятельности Службы.
Предельная численность работников центрального аппарата ФТС определена в количестве 1882 единиц (без персонала по охране и обслуживанию зданий), в том числе сотрудников, которым присвоены специальные звания, в количестве 828 единиц.
Предельная численность работников региональных таможенных управлений, таможен и таможенных постов, организаций, находящихся в ведении Службы, определена в количестве 60652 единиц (без персонала по охране и обслуживанию зданий), в том числе сотрудников, которым присвоены специальные звания, в количестве 18260 единиц.
Согласно положению, Федеральная таможенная служба является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим в соответствии с законодательством РФ функции по контролю и надзору в области таможенного дела, а также функции агента валютного контроля и специальные функции по борьбе с контрабандой, иными преступлениями и административными правонарушениями.
Федеральная таможенная служба находится в ведении Министерства экономического развития и торговли РФ.