Согласно положению, министерство транспорта РФ осуществляет функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере гражданской авиации, морского (включая морские торговые, специализированные и рыбные порты, кроме портов рыбопромысловых колхозов), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного, городского электрического (включая метрополитен) и промышленного транспорта, дорожного хозяйства, геодезии и картографии.
Минтранс осуществляет координацию и контроль за деятельностью находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере транспорта, Федерального агентства воздушного транспорта, Федерального дорожного агентства, Федерального агентства железнодорожного транспорта, Федерального агентства морского и речного транспорта и Федерального агентства геодезии и картографии.
Минтранс в установленном порядке осуществляет руководство и организацию деятельности представительства РФ при Международной организации гражданской авиации (ИКАО) и Постоянного представительства РФ при Международной морской организации.
Министерству необходимо до 1 октября внести в правительство проекты нормативных правовых актов, упраздняющих ряд полномочий этого ведомства. Согласно постановлению, утрачивают силу ряд документов, регламентировавших деятельность железнодорожного транспорта и бывшего министерства путей сообщения.
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта, согласно соответствующему положению, находится в ведении Минтранса и осуществляет функции по контролю и надзору во всех сферах деятельности министерства.
Федеральное агентство воздушного транспорта, также подведомственное Минтрансу, выполняет функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом в сфере воздушного транспорта (гражданской авиации) и гражданской части Единой системы организации воздушного движения Российской Федерации, в том числе в области обеспечения ее функционирования, развития и модернизации.
До утверждения правительством РФ перечня подведомственных организаций федеральных органов исполнительной власти в ведении агентства находятся организации гражданской авиации, находившиеся в ведении Минтранса.
Федеральное агентство до внесения изменений в соответствующие нормативные правовые акты РФ осуществляет лицензирование деятельности по перевозке воздушным транспортом пассажиров и грузов.
