При исследовательских работах в 2003 году возле этого храма был обнаружен некрополь с захоронениями, относящимися к домонгольскому периоду истории Руси. Осенью 2003 года специалисты нашли здесь два каменных саркофага. Согласно их предположениям, в некрополе находятся еще как минимум три гробницы.
По одной из версий, в некрополе захоронены представители известных боярских родов, проживавших в Новгороде в 12-13 веках на территории так называемого Людина конца. По другой версии, в некрополе могли быть захоронены новгородские церковные деятели того же времени, возможно, являвшиеся настоятелями церкви Благовещения на Мячине.
В обоих случаях, считают специалисты, археологические раскопки у храма Благовещения могут принести самые неожиданные результаты. Осенью прошлого года работы на территории некрополя были прекращены, раскоп законсервировали. Предполагается, что в нынешнем году по окончании земляных работ археологи осторожно вскроют саркофаги непосредственно в некрополе.
Вскрытые саркофаги останутся в церкви Благовещения на Мячине, а останки древних славян будут транспортированы в Великий Новгород и далее - на исследование в Москву. Московский антрополог Денис Пижемский в своей лаборатории попытается восстановить по ним внешний облик древних новгородцев.
По окончании исследовательских работ останки будут возвращены в Великий Новгород и захоронены под стенами одного из древнерусских православных храмов. Согласно данным из НГМЗ, до обнаружения гробниц у церкви Благовещения на Мячине российские археологи не находили ни одного сохранившегося некрополя 12-13 веков.